第十一条 排污费纳入预算，按专项资金管理，不参与体制分成。
第十二条 排污费的７０％作为“污染源治理专项基金”（简称“专项基金”），由环保部门会同财政部门用于污染限期治理项目或“三废”综合利用项目。
第十三条 排污费的３０％和其他收费作为“环境保护事业发展基金”（简称“发展基金”），由环保部门会同财政部门统筹安排，主要用于环境监测、购置环境监理仪器设备、环境保护宣传教育、技术培训和奖励。经同级财政部门批准，还可以用于补助环境监理事业费不足的部分以及环境综合整治和为此进行的专题调研和示范科研经费。在保证上述开支的前提下，可用于为环境监测和环境监理需要的房建项目补助。
第十四条 环保部门使用“专项基金”和“发展基金”时，必须向财政部门提出申请，财政部门根据用款计划，从解缴入库的排污费中按季度拨入环保部门在银行设立的“专项基金专户”和“发展基金专户”。对不符合规定的申请，财政部门有权拒绝拨款。
第十五条 “专项基金”的２０％实行有偿使用，委托银行贷款。
贷款期不得超过３年，贷款月利率１年期为２．４‰，２年期为２．７‰，３年期为３‰。利息按季结清。
贷款利息、提高利率收取的利息及罚息，除按国家规定支付银行贷款手续费外，其余全部纳入基金。
第十六条 申请使用“专项基金”的单位，必须填写《内蒙古自治区污染源治理专项基金贷款项目调查报告》（见附表）并附可行性研究报告、立项报告批复等文件，报同级环保部门和财政部门审批。贷款申请批准后，贷款单位凭环保部门委托函与银行办理贷款手续。
第十七条 贷款单位要按期偿还贷款本息。一般情况下可以用单位自有资金（国营企业的更新改造资金、生产发展基金，集体企业的公积金、合作事业基金和更新改造资金等自留自用资金）、“三废”综合利用利润、上级拨给的污染源治理资金进行偿还。对于数额较大，全部用自有资金等偿还有困难的，经同级财政部门批准，从项目投产使用之日起，可按贷款项目正式投产前一年度缴纳排污费的数额追加列入成本用于还贷，但这种还贷形式最长不得超过３年。
