基本农田建设基金专门用于开发新耕地，改造低产田，扩大水地，严禁挪作他用。
基本农田建设基金的使用，在同等条件下，优先安排被征地单位的土地开发和改造。
第九条 一切使用基本农田进行农业生产的单位和个人，都有责任整治土地，兴修水利，加厚活土层，增施农家肥，应用新技术，提高单位面积产量。因投入不足或掠夺性经营造成地力下降的，由乡、镇人民政府和村民委员会责令其限期恢复地力；逾期不恢复的，应交付地力补偿费。
第十条 适宜种植粮食、棉花、油料作物的一、二级保护田，不得改作果园、改种林木和挖塘养鱼。
第十一条 凡对基本农田有污染的建设项目，其防治污染的设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时使用。污染防治措施和投资不落实的，不得办理土地征用、划拨手续。
因排放污染物致使基本农田遭受污染损害的，由造成污染的单位或个人，按实际经济损失向基本农田使用单位或个人支付污染赔偿费，并在限期内治理。污染赔偿费用和治理期限，由县级土地管理部门会同环保部门确定。
第十二条 因生产和建设造成基本农田裂缝、塌陷、产量下降的，由县级土地管理部门责令造成损失的单位限期恢复，并交付土地损失补偿费。无法恢复的，除交付土地损失补偿费外，再按本条例第七条的规定缴纳基本农田建设基金。
现有基本农田内未经批准的非农业建设设施和一级基本农田内的砖瓦窑，应限期拆除和搬迁，恢复耕种条件。
第十三条 经批准征用基本农田超过一年不使用的，按下列标准缴纳土地闲置费：一级基本农田每亩为征用前年产值的３倍；二级基本农田每亩为征用前年产值的２倍。超过两年不使用的，由县级土地管理部门报请县级人民政府批准收回其土地使用权，并向原批准征用机关备案。
土地闲置费由县级土地管理部门代收，纳入基本农田建设基金管理。
第十四条 承包经营基本农田超过一年未种植农作物人为造成荒芜的，由原发包单位或乡、镇人民政府将其土地使用权收回，另行发包，并按下列标准缴纳基本农田荒芜费：一级基本农田每亩为荒芜前年产值的２倍；二级基本农田每亩为荒芜前年产值的１倍。
基本农田荒芜费由县级土地管理部门委托乡、镇人民政府代收，纳入基本农田建设基金管理。
