在抓好转变政府职能的同时，注意理顺上下左右关系。重点要理顺地与县、市与区、县与乡以及各部门之间的关系。通过明确各部门职责分工，进一步理顺党政部门之间、政府综合部门之间、综合部门与专业经济管理部门之间的关系，建立起相互协调的行政运行机制。加强城市整体规划，综合管理功能，扩大城区的社会服务功能。增强乡镇的管理和协调功能，县有关部门设在乡镇的机构，已明确应放到乡镇管理的，要坚决放下去。
三、精简机构，定编定员
１、地区党政机构改革的主要任务是：要按派出机构的性质进行改革，把工作重点转向监督、指导、检查、协调等方面。党政机构应尽量设得综合一些，其限额控制在３５个以内，平均精简２１个左右，精简幅度为３７．５％。地区机关人员编制以辖县多少为主，将七个地区排序，每个地区平均按７５０名左右控制。平均精简３２５名左右，精简幅度为３０．２％。
地委、行署与其他机关之间编制分配比例为１５：８０：５。领导职数为地委设书记１人、副书记２－３人。行署设专员１人、副专员２－４人。
２、自治州是一级政权机关。除行使地方国家机关的行政职权外，还要根据《
宪法》和《
民族区域自治法》履行民族自治权。自治州的机构改革要体现民族自治的特点。党政机构限额控制在４０个以内，平均精简１６个左右，精简幅度为２８％。自治州机关人员编制平均按９５０名左右掌握，平均精简２８５人左右，精简幅度为２３．１％。党委、政府与其他机关之间编制分配比例为１５：７８：７。领导职数为州委设书记１人、副书记２－３人；州政府设州长１人、副州长２－４人。州人大常委会设主任１人、副主任２－３人；州政协设主席１人、专职副主席３－４人。
３、省辖市做为一级政权机关，不仅有一般性地方政府的任务，还具有城市建设和城市管理的任务。省辖市的机构改革，要紧密结合城市的特点进行。党政机构设置限额，一类市控制在５５个左右；二类市按综合指数高低控制在４０－４５个以内；三类市控制在３５个以内。
省辖市机关人员精简幅度按现有人数的２４％左右掌握，不搞一刀切，原则上超编多的多减，超编少的少减。各省辖市的人员编制按分类进行综合平均后分配下达。市委、市政府与其他机关之间编制分配比例为一、二类市１２：７７：１１．三类市１５：７８：７。
领导职数一、二类市为市委设书记１人、副书记２－４人；市政府设市长１人、副市长３－５人。市人大常委会设主任１人、副主任２－４人；市政协设主席１人，专职副主席２－４人。
