负责水路运输、港口、水路运输服务业、船舶代理、外轮理货的行业管理；组织实施重点物资、紧急物资的水路运输、负责水路运输管理费的征收管理并提出使用意见；负责跨省、涉外船舶运力投放和航线的管理；会同有关部门对“三资”水路运输企业的立项进行审核和上报；会同有关部门培育和发展水路运输市场。
（八）科技质量处
拟订交通科技政策、中长期规划和年度科技项目计划；组织实施重大科技开发和新产品研制项目，推动行业科技进步；组织科技成果鉴定和推广应用；负责交通工业的行业管理和会同有关部门组织产品认证、鉴定和质量监督；指导交通行业的技术标准、计量和规范的实施及监督；负责交通环境保护、技术专利、质量、节能、设备管理工作。
（九）外经办公室
办理交通行业引进外资、合资、合作经营和直属单位引进先进技术设备等有关业务；参与有关单位引进项目的立项研究；协助办理厅涉外单位和驻外企业有关业务工作；负责开展国际交通合作与交流。
（十）人事教育处
负责厅机关人事、机构编制和直属单位领导班子的管理工作；归口管理专业技术干部、人才交流和智力引进工作；指导直属单位劳动工资和行业教育培训工作；协助有关部门组织和指导交通专业技术干部职称评审和交通系统技术工人、技师的考核评审工作；负责厅机关及指导直属单位离退休人员管理工作；办理外派人员和因公出国人员的报批业务。
（十一）安全保卫处
负责厅机关及指导直属单位的内部安全、保卫、民兵工作；负责交通系统职工海员证的审核、上报和发放工作；指导水上交通运输、交通工业、交通工程施工的安全管理，组织制定安全生产规章制度并负责监督实施；参与组织对重大安全生产事故的调查和处理；负责交通直属企业内部劳动生产伤亡事故的统计汇总工作。
（十二）政治处（与直属机关党委办公室合署）
负责交通行业行风建设，指导交通系统的思想政治、精神文明建设；负责厅机关和指导直属单位的党务、统战、共青团、工会、妇女、计划生育工作；组织直属单位政工干部职称评审工作。
（十三）监察室（与纪检组合署）
负责厅机关及指导直属单位的监察、纪检工作；协助有关部门做好交通系统行风和党风建设工作。
四、人员编制和领导职数
交通厅机关行政编制１４５名。其中厅长１名，副厅长４名，正副处长３６名。
为老干部服务人员编制按有关规定另行核定。
