环境保护部门向排污者发出《征收排污费通知书》。排污者从收到通知书之日起二十日内，按照通知书的规定，向当地财政部门指定的银行专户一次足额缴纳；逾期未缴纳的，每日按照应纳费数额的千分之二收取滞纳金。
第十条 上级环境保护部门发现下级环境保护部门不按照规定收费时，应当予以纠正，并责令其追回少收或者退还多收排污费或者超标准排污费。
第十一条 排污者对环境保护部门所核实的监测数据、缴费金额持有异议的，可以从收到《征收排污费通知书》之日起十日内，向发出通知书的环境保护部门申请复议，复议申请中应当提出具体的有异议的数据和金额。环境保护部门应当在收到申请书之日起十日内进行复议，作出维持或者改变原核定数据、金额的决定；逾期未作出决定的，排污者可以按照复议申请所提出的金额缴费。
排污者不服复议决定的，可以从收到决定书之日起十日内向上一级环境保护部门申请裁定。上级环境保护部门应当从收到申请书之日起十日内进行核查，作出维持或者改变原复议决定的裁定；逾期未作裁定的，排污者可以按裁定申请所提出的金额缴费。上级环境保护部门的裁定为终局裁定。
排污者在向环境保护部门申请复议、裁定期间，可以暂不缴费。
第十二条 享受国家或者地方规定的减、免税收优惠待遇的排污者按照月缴费或者一次缴费确有困难的，可以向环境保护部门申请缓期缴费或者分期缴费。环境保护部门应当在收到申请书之日起十五日内进行审查，作出批准或者不批准的决定；逾期未作规定的，视作批准。
第十三条 企业单位缴纳的排污费或超标准排污费，可以从生产成本中列支；缴纳的滞纳金、排污费中的增收部分、超标准排污费中的增收部分和罚款不得列入生产成本。
事业单位缴纳的排污费或者超标准排污费，应当从其包干节余和预算外资金中列支；如有不足时，其不足部分可以从其事业费中列支。
第十四条 征收的排污费和超标准排污费用于下列事项：
（一）排污者治理污染的补助资金；
（二）治理污染的贷款基金；
（三）环境保护部门业务活动补助资金。
上述费用为专项资金，不参与体制分成，实行专款专用、先收后用，不得超支和挪用；每年的节余转下年使用。
