第五条 对各种类型科研单位发放奖金的免税限额实行分类管理。
１．属于基础研究类型的科研单位和社会公益事业等社会服务性质的科研单位，全年发放奖金的免税限额为人均一个月基本工资。
２．属于技术开发类型的科研单位，实行奖金免税限额与削减科学事业费拨款比例挂钩办法；全年发放奖金的免税限额分以下六档：
①科学事业费拨款全部减完的，全年发放奖金的免税限额为人均三个半月基本工资。
②削减科学事业费拨款比例达到或超过７０％的，全年发放奖金的免税限额为人均三个月基本工资。
③削减科学事业费拨款比例达到或超过５０％而低于７０％的，全年发放奖金的免税限额为人均二个半月基本工资。
④削减科学事业费拨款比例达到或超过３０％而低于５０％的，全年发放奖金的免税限额为人均二个月基本工资。
⑤削减科学事业费拨款比例达到或超过１０％而低于３０％的，全年发放奖金的免税限额为人均一个半月基本工资。
⑥削减科学事业费拨款比例低于１０％的，除自治区财政厅另有规定者外，全年发放奖金的免税限额为人均一个月基本工资。
３．属于多种类型的科研单位，全年发放奖金的免税限额按照审定的科学技术活动分类比例，分别按上述１、２款的办法管理。
第六条 各种类型的科研单位全年发放奖金总额（包括从各种资金渠道发放的各种奖金和实物奖励，以及超过国家规定多发的各种奖金性质的工资、津贴、补贴、酬金等）超过上述规定免税限额的部分，按照规定在职工奖励基金中缴纳奖金税。
第七条 为全面安排科研单位财务计划，保证科技工作的发展和资金合理使用，根据编制自治区预算的要求，各主管部门在接到自治区科委下达的预算指标后，要按照分类管理和合理使用资金的原则，认真编制各项经费预算，报自治区科委。
第八条 各种类型科研单位均必须实行科研课题核算，不断提高财务管理和核算水平。
第九条 各种类型科研单位预算资金实行“分级管理”的原则。科研单位向其主管部门负责，主管部门向自治区科委负责，自治区科委向自治区财政厅负责。各级均要及时、准确、完整地编报各种会计报表。为适应“分类管理、统一核算”的需要，自治区科委、财政厅将试行“新疆维吾尔自治区科研单位会计制度”（另发）。
第十条 各主管部门要加强对科学事业费拨款改革的领导和管理，建立和健全有关规章制度，保证资金的合理有效使用，加强宏观指导，运用拨款和经济杠杆，推动科研单位的改革。
