科研单位实行有偿合同制，经济自立后，原来的事业费不上交财政，全部纳入各级科技发展基金。
科研单位的属性（开发研究单位或非开发研究单位），由科委会同有关部门审定。
自治区、地市、县三级都要建立科技发展基金。各研究所的上级主管部门也可建立科技发展基金。科技发展基金由科技三项费用、科研事业费，以及其他渠道来源的科技经费等组成。科技三项费用由财政拨给科委统一管理使用。科技发展基金主要用于支持重大的、关键性的项目和新兴技术项目。其使用分有偿、部分有偿或无偿。可以流动使用。
科研基建费、大型仪器和设备购置费，仍维持原渠道不变。
二、试行所长负责制
经上级批准，凡条件具备的研究所可试行所长负责制。试行所长负责制单位党组织的主要任务是负责贯彻执行党的路线、方针、政策，保证党的科技方针在研究所具体落实；加强对全体职工的政治思想工作，建设精神文明，支持所长工作，团结非党干部和群众完成党和国家交给的任务；搞好党的组织建设和对各级干部的考察等工作。所长对主管上级部门负责，对研究所负有全面领导责任。所长由群众推荐（或选举），上级任命，也可以由上级直接委派。副所长由所长提名，上级审批。所长、副所长任期三年。可以连选连任。对不称职的所长，群众和党组织可随时向上级机关建议免职。
三、扩大研究所的自主权
一、人事权。研究所有权确定科、室和课题组负责人；有权择优录用、招聘所需人员；有权拒收不适宜到所工作的人员。
二、财权。研究所的纯收入不上交，用于建立本所的科技发展基金、集体福利基金和奖励基金。三者比例为６∶２∶２。
对研究所的科研新产品、中试产品，减免税三年。
银行视科研单位的偿还能力，给予低息贷款，作为科研流动资金。
三、计划经营权。在首先保证完成国家和上级部门下达的科研任务的前提下，科研单位有权对外承接委托研制、技术承包、技术咨询服务；开展科研中试生产；确定自选课题和储备性计划；同地方、企业等组成科研生产联合体。研究所按国家规定或双方协议，从上述技术服务、科研生产活动中提取收益。
科研单位退休离休职工，其工资、福利按国家规定办理。
四、全面推行课题承包制
