对所长的奖惩由主管部门决定，科研机构中中共党的基层组织民民主管理组织可以向主管部门提出对所长的奖惩意见。
主管部门对科研机构的管理，主要依靠方针、政策进行指导，综合协调和下达指令性科研任务。
四、各级各类科研机构要根据自身的实际情况，以不同形式进入经济，发展新型的科研、生产、经营实体，使科研机构不受地区、部门、行业和所有制的限制，向自主、开放、联合、竞争的方向发展。
科研机构和企业间可互相承包、租赁、参股或转让产权。规模较大的综合性科研机构，可以划小核算单位，由集体或个人分级承包。规模较小或经营不好、效益差的科研机构，可以在内部或面向社会公开招标，通过竞争招聘经营管理者，或通过兼并等方式转让经营权。
五、科研机构实行削减（或冲抵）事业费与奖金免税额、所长基金比例、职工晋升工资面等挂钩。
１、事业费完全自立的科研机构，其收入在保证事业发展的前提下，自主分配，用于个人分配的部分可按规定浮动升级，也可以发奖金和建立津贴，从科技咨询纯收入中提取的奖金不超过１５％的部分可不征奖金税，但须按规定缴纳个人收入调节税。
２、事业费完全自立的科研机构，可以从纯收入中提取５％作为所长基金；事业费自立程度达５０％以上的科研机构，可以从纯收入中提取３％作为所长基金。
３、事业费部分自立的单位，奖金税的起征点，由一个半月起，事业费每减１５％增加半个月。
六、科研机构承担纵向课题，在完成任务的前提下，经鉴定后，除仪器设备购置以外，可以结余经费中提取１０％至１５％，用于奖励参加项目的科技人员。
七、市属科研机构自筹资金用于科技设施的投资，暂可免缴建筑税、旧城改造补贴费和配套费；对外入国家和省、市科委试制计划并经鉴定或确认的中试产品、新产品可暂免产品税（增值税）一至二年。
八、科研机构内部可在定员定编基础上，实行工资总额包干，增人不增工资总额，减人不减工资总额，节余部分可跨年度使用，但要按当年实发数征收奖金税。
九、科研机构进入企业后，原有级别不变。原由市财政拨款的独立科研机构，按削减事业费前一年的事业费总额继续拨给事业费。进入企业或企业集团的独立科研单位，可保持相对独立性，享有一定自主权，继续享受原减免税待遇；其工资奖金标准，可按原独立科研单位的规定执行，也可按企业的有关规定执行，原则上就商不就抵。需要由事业工资标准变为企业工资标准的，经劳动部门批准，以职工基础工资、职务工资、工龄工资三项之和减五元后的数额为基数，就近上靠企业工资标准。
十、允许农业科研机构经营种子（种畜、鱼、苗）、化肥、农药、兽药、器械、饲料、地膜、农机具等生产资料，鼓励兴办或联办各种形式的经济实体，从事农、畜、水产品的加工、贮运和销售，在做好技术服务的同时取得合法收入，走“自我积累、自我发展”的道路。
十一、技术出口创汇收入按国家规定的留成部分，８５％给技术出口单位，其余给技术出口经营公司；技术出口创汇的新增部分，从一九八八年起三年内全额留成，用作单位的发展基金，自主使用。
十二、驻本市的部、省属科研设计机构、厂矿企业和高等院校转让到市属单位的科技成果，可以取得的技术纯收入中提取１５％至２５％，奖励有关科技人员，不计征奖金税；与市属单位组建的科研生产联合组织，投产后一年内分得的利润，纳税有困难，经税务部门批准可免征所得税；取得的科技成果可申报市科技进步奖。
十三、放活科研机构要有组织地进行，各主管部门要加强领导、统筹兼顾，互相配合，认真做好各项管理和协调工作，及时研究解决有关政策问题和其他问题。
十四、本补充规定自发布之日起实施，过去有关规定与本补充规定不一致的，以本补充规定为准。
十五、本补充规定，由西安市科学技术委员会负责解释。
一九八八年六月二十八日
