科研机构奖金免税限额，按国家科委和财政部颁布的《关于对科研单位征收奖金税问题的通知》〔１９８７〕财税字第０１２号文件）执行。
四、各主管部门要鼓励和扶持科研机构在完成国家任务的前提下，根据自愿互利的原则，发展同企业、企业集团、高等院校、设计单位之间建立跨部门、跨行业、跨地区的各种形式的联合，维护他们按合同获得的合法收入及对这部分收入的分配使用权。
五、各级科技管理部门要支持和鼓励科研机构选派科技人员承包、领办中小型企业、集体所有制企业和乡镇企业；或承包、领办、创办县、区以下的技术开发、技术服务、技术贸易、技术培训机构。保证他们有合同规定的经营自主权，允许他们在为社会创造财富的同时按合同取得合法收入。对在上述活动中做出突出贡献的科技人员，所在企业、科研单位和各级管理部门可以发给荣誉证书、奖金，以资鼓励。
允许各类科研机构以自己开发的技术向各类企业入股，共同承担风险，并按合同分红。
六、以技术开发研究为主的科研机构，都应逐步进入企业、企业集团或与之实行其它形式的紧密联合。进入企业（或企业集团，下同）的科研机构，其性质和按有关政策规定应享受的优惠待遇不变，其经费应逐步由企业承担。在完成企业下达的科研任务前提下，仍可沿用原名独立对外开展工作，为全社会服务，获取应得的收入。原由财政核拨事业费的独立科研单位进入全民企业后，其事业费以进入企业前一年拨款额为基数，继续长期拨给，但只能在原事业费允许的开支项目下列支，并应尽量减少劳务费类支出，增大科研业务活动费用的列支比重。
七、暂时不能进入企业的技术开发性科研机构，可采取多种形式面向经济建设。其中少数对行业发展影响较大的可以改组成为行业技术开发中心；也可以与设计、工程单位联合组成专业性成套技术工程承包企业；也可以吸收企业，发展成科研先导型企业集团或科研生产经营型企业；有一定开发能力，但又不能发展成为上述几种企业的科研机构，应面向中小企业、集体企业、乡镇企业，积极为他们提供技术服务。
上述科研机构的事业费仍按《
国务院关于科学技术拨款管理的暂行规定》（国发〔１９８６〕１２号文件）执行，其研究开发经费应主要依靠行业、企业和社会服务的收入支持。
八、逐步实行科研机构所有权与经营权的分离。对人员、固定资产规模较小和经营不好、效益很差的技术开发性科研所可以进行租赁、承包试点。可以由集体租赁、承包，也可以由个人租赁承包。承租人、承包人在遵守国家有关规定的前提下，对所承包、租凭的科研机构拥有充分的经营自主权，他们按合同取得的合法收益，受法律的保护。
九、独立核算的科研单位的纯收入（指税后利润，下同），按五、三、二的比例分别提取科技发展基金、集体福利基金和奖励基金。允许经济自立的科研单位，从经济收入中为职工增加奖励工资，但必须保证科技发展基金的提取比例不低于５０％，奖励工资不得搞平均主义、奖励面一般不得超过总人数的３％。
