１、已进行科技体制改革，但仍需国家核拨全部事业费，并完全用国家核拨经费进行工资改革的科研院（所），可按纯收入的百分之六十作为发展基金，百分之二十作为福利基金，百分之二十作为奖励基金的比例，提取奖励基金。全年发放奖金总额人均不超过一个月基本工资的，免征奖金税。超过免税限额的部分，比照国营企业奖金税适用税率征收奖金税。
２、开始减拨事业费，部分自费（自费负担百分之三十以上的），部分依靠国家进行工资改革的科研院（所），从 纯收入中按百分之五十作为发展基金，百分之二十五作为福利基金，百分之二十五作为奖励基金的比例，提取奖励基金。全年发放奖金总额人均不超过一个半月基本工资的，免征奖金税，超过免税限额部分，比照国营企业奖金税适用税率征收奖金税；需要国家核拨一部分事业费，按照规定的工资标准和核定的增资指标，自费工资改革的科研院（所），全年发放奖金人均不超过两个月基本工资金额的，免征奖金税，超过免税限额的部分，比照国营企业奖金税适用税率征收奖金税。
３、做到事业费自主，按照规定的工资标准和核定的增资指标，自费工资改革的科研院（所），从纯收入中按百分之五十作为发展基金，百分之二十五作为福利基金，百分之二十五作为奖励基金的比例，提取奖励基金。全年发放奖金总额人均不超过三个月基本工资金额的，免征奖金税。超过免税限额的部分，比照国营企业奖金税适用税率征收奖金税。
（二）农业科学研究、社会公益事业和技术基本类型的科研院（所）奖励办法：
从事农业科学研究、医药卫生、劳动保护、计划生育、灾害防治、环境科学等社会公益事业以及从事情报、标准、计量、观测等技术基础工作，事业费由国家拨给，实行包干的科研单位，其纯收入不超过本单位当年包干事业费百分之三十的，全部留给本单位；超过部分，一半用以冲抵下一年度的单位事业费拨款，一半留给单位。单位留用部分可按百分之五十作为发展基金，百分之二十五作为福利基金，百分之二十五作为奖励基金的比例，提取奖励基金，全年发放奖金总额人均不超过一个月工资的，免征奖金税，超过免税限额的部分，比照国营企业奖金税适用税率征收奖金税。
（三）基础研究类型的科研院（所）奖励办法：
凡从事基础研究工作的科研院（所），可从节余的事业费中提取适当金额，用作奖励基金，全年发放奖金总额人均不得超过一个月的基本工资。
