第四条 东深管理局下设管理处（站），实行分级管理。
第五条 东深管理局的主要职责是：对东深工程的河（渠）道、沿线水工程、机电、水文地质和通讯等设施实行统一管理及维修养护；执行对香港、深圳市供水计划；核定沿线乡镇用水计划。按实际供水量分别向香港、深圳市和工程沿线用水单位收取水费；做好供水和防洪调度工作，负责东深供水河（渠）道的水质监测工作；依法查处违反本办法有关规定的行为。
第六条 东深工程已征用的土地和已划拨给东深工程使用的土地，由东深管理局按照规定的用途管理和使用，任何单位和个人不得侵占。
第七条 东深工程河道两岸的堤防，由所在市、区人民政府按照国家和省的规定划定护堤地，由东深管理局管理。
第八条 禁止在供水河（渠）道挖砂、采石、取土和设置阻水障碍物。
建设单位如要在供水河道兴建水工程和其他设施，须报经东深管理局审核同意，并报省水行政主管部门批准。
第九条 东深管理局在供水期内应优先保证按协议供水量向香港和深圳市供水，按计划供水量保障沿线乡镇生活用水，兼顾沿线工农业生产用水。
第十条 东深工程沿线现有用水单位必须如实向东深管理局申报取水地点、数量、用途、抽水装机台数、容量、废污水处理及排放等有关资料，并安装符合规定的量水设备，由东深管理局核准。
新建取水工程，建设单位必须向东深管理局提出申请，经批准后方可取水。
第十一条 东深工程沿线用水单位必须按《
广东省水利工程水费核订、计收和管理办法》的规定向东深管理局缴纳水费。逾期不缴的，按日加收万分之五的滞纳金；经再次催交无效的，东深管理局可以限制或停止向其供水。
东深工程对东莞所供的农业用水水费，可根据实际情况给予优惠，具体优惠办法由东深管理局和东莞市人民政府商定。
第十二条 东莞市设立的东深灌溉防护管理机构，负责石马河两岸灌区和雁田水库灌区、防护区的管理，统一调度灌区内农业用水，向用水户计收水费，并向东深管理局缴交。
