所长的权限：（１）提出副所长人选，并报上级部门批准任免。（２）在主管部门核定的人员与机构限额内，决定内部机构的设置，并报上级备案。（３）任免或调配本所中层业务、行政管理干部，按国家规定聘任科技人员。（４）组织制定全所工作计划和各项规章制度，对职工实行奖励与惩罚。（５）合理使用科技三项费用、科研事业费和科技发展基金。（６）对做出较大贡献的职工，可给予工资升级的奖励。升级面每年控制在３％以内；费用从单位奖励基金中列支。
研究所要建立健全民主管理制度，以补充和完善所长负责制。可以建立所务委员会、学术（技术）委员会和职工代表大会等民主管理组织，充分发挥科技人员和其他职工在审议研究所重大决策、监督包括所长在内的各级领导以及维护职工合法权益等方面的作用。
上级主管部门对研究所要实行目标管理。根据研究所的不同特点和条件，制定所长任期内的具体考核指标。考核的重点是：科研计划完成情况，科研成果的数量、水平及社会、经济效益，工作与生活条件改善状况，人才培训计划完成情况以及财务收支情况等。
上级部门应关心、支持所长的工作，帮助解决困难。对成绩突出的所长、副所长应给予精神和物质奖励；对因主观原因造成重大损失者应给予适当处罚，对不能继续担任所长、副所长职务的，要及时调整。
三、人事管理
研究所要严格控制非技术人员比例，科技人员占全所职工总数的比例应不低于６０％，管理人员和工人（含实验室辅助人员）应分别控制在１５％和２５％以内。
对不同类型研究所的人事管理，应区别对待。由国家拨给事业费的研究所，在核定的编制范围内，有权自行调入、调出和安排使用各类人员。逐步减少事业费或实现事业费自给的研究所，报请上级主管部门批准后，可根据工作需要，在核定的编制外自主聘用部分人员，其追加工资和用工指标，在主管部门核定的劳动工资总额和用工指标中解决，确有困难者可专项报劳动人事部门审批。
研究所要从改善本单位人员的知识、专业与年龄结构出发，认真做好人员的调入（含毕业生的分配）、调出与聘用工作。上级劳动人事部门应给予大力支持和帮助。
研究所对富余人员应积极妥善安排。本人能找到接受单位的，要支持他们去外单位工作，本人找不到接受单位的，要积极帮助联系接受单位，促进人才的流动。
上级机关给研究所分配人员，要征求研究所的意见。研究所有权拒绝接收不适合在本所工作的人员。研究所对分配来所的各类人员实行试用制，经试用不合格的，在试用期满前，可报告原分配单位另行安排，上级有关部门应予办理。若上级部门无正当理由而久拖不办的，研究所有权在报告送出六个月后停发其工资。
研究所有权聘请国内、外专家学者来所讲学或担任技术顾问（外籍专家学者来所，须报请外事主管部门批准）。所内科技人员经领导同意后，也可接受外单位聘请。
