所长、副所长均实行任期制，任期为三至五年，可以连任，在任期内实行目标管理。不连任的，担任什么职务，享受什么待遇。
尚未实行所长负责制的单位，要明确党政分工，加强所长的业务、行政领导职权，并要创造条件，尽快实行所长负责制。
三、研究所要加强民主管理。
（一）建立健全学术委员会。学术委员会成员由科技人员民主选举或推荐学术水平高、作风正派、有群众威信的人组成，也可聘请所外专家。学术委员会推选主任一名，副主任一至二名（所长不兼学术委员会主任或副主任）。主要负责审议科研方向、发展规划、年度计划、学术论文、科研成果等。
（二）建立职工民主管理制度。百人以上的研究所建立职工代表大会。代表由职工选举产生，任期两年，代表数额由研究所自定；百人以下的研究所建立职工大会制度。职工代表大会或职工大会每年至少召开一次，负责审议所长的工作报告和所里的重大事项，维护职工的合法权益。
（三）定期召开所务会。所务会由所长召集，所级领导和有关中层领导参加，讨论研究所里的重要业务、行政事项。
四、促进科研与经济、社会的紧密结合。
（一）研究所必须坚持以科研为主，扩大服务领域，加强技术经营工作，改单纯的研究型为研究开发经营型，多出成果，为经济和社会发展服务。
（二）研究所要加强实验基地的建设，搞好技术配套。工业方面的研究所要建立中试车间或试验工厂，进一步完善小试科研成果，为市场提供可靠的技术商品；农业方面的研究所要建立科技成果综合运用的示范基地，加速科技成果的推广应用；医学方面的研究所要和临床紧密结合，为防病治病服务。
（三）研究所要本着互惠互利的原则，同企业建立各种形式的科研生产联合体，上级部门应当给予鼓励和扶持。
五、实行课题承包责任制，扩大课题组长的职权。
研究所实行课题承包责任制和各类工作人员的岗位责任制，做到职责明确。课题组长按“五定”（定任务、定经费、定时间、定技术指标、定奖罚）的要求与研究所签定承包合同。课题组长有权按照国家有关规定自主地管理使用经费；有权组合课题组人员；有权根据个人贡献大小确定课题组成员的奖励。
六、合理安排研究所的收入分配。
（一）研究所要积极组织合理的收入，节约开支，增强自我发展的能力。研究所按照财政部（８６）财税字第０８１号文件《
关于对科学技术研究机构收入征税的暂行规定》纳税，税后的纯收入不上交，用于建立专项基金。事业费完全自给的研究所，科技发展基金不得少于百分之五十，集体福利基金不得高于百分之二十，奖励基金不得高于百分之二十五，后备基金占百分之五；正在向事业费自给过渡的研究所，实行差额拨款，其纯收入分别用于冲抵事业费拨款，提取科技发展基金、福利基金和奖励基金（不留后备基金），其中福利基金、奖励基金都不得高于百分之二十；事业费包干的研究所，完成国家或上级规定的任务外还能取得合理收入的，其纯收入不超过本单位当年包干事业费百分之十的，全部留给本单位，超过百分之十部分，一半用以冲抵下一年度的单位事业费拨款，一半留给单位。单位留用部分，分别用作科技发展基金、福利基金和奖励基金，其中福利基金、奖励基金都不得高于百分之二十。
