在确定具体承包内容时，可以根据各科研机构的不同情况，在“三包”上各有侧重，也可增加其它必要的承包内容。开发型及多种类型型的科研机构的承包指标应包含科学事业费的削减比例和进度。
（二）承包指标的确定和审核：根据“三包”内容，参照本单位前１至３年的实际情况，实事求是地确定承包基数。做到既有一定的压力，又要留有余地。承包指标由科研机构与主管部门商定，科委及财政等有关部门核准。
（三）实行承包经营指标完成情况与职工的工资或奖金挂钩。
１．科研事业费完全自给的科研机构，实行“三包”指标完成情况与工资总额挂钩。超额完成或未完成指标的，工资总额要相应增减。在切实保证事业发展的前提下，其纯收入由单位自主分配和使用。
２．科研事业费部分自给的科研机构，实行“三包”指标完成情况、事业费削减比例与奖励福利基金提取比例挂钩。事业费每削减１０％，奖励福利基金比例可从５０％开始增提１．５－２％。在此基础上，根据“三包”指标完成情况，增加或减少奖励福利基金的提取比例。
３．实行科研事业费包干并具有较强创收能力的科研机构，应在保证完成国家任务的前提下，积极向科研事业费自给或部分自给过渡。这类科研机构，参照上述科研事业费自给或部分自给的科研机构的承包经营办法执行。
４．实行科研事业费包干但创收能力较小的科研机构，在定编定员的基础上，实行科研事业费和基本工资总额包干，增人不增钱，减人不减钱，节余归单位自主使用。其创收部分除留不少于５０％的事业发展基金外，归单位自主分配。
５．实行承包经营成果与职工的工资、奖金挂钩办法后，国家统一规定的个人收入调节税和奖金税政策不变。
（四）科研机构承包可以个人承包、合伙承包、集体（全员）承包和企业承包等不同形式进行。对规模较小或经营管理不善、效益很差的科研机构，可以实行租赁承包。
（五）承包期限，一般不得少于三年。
三、承包经营合同
（一）实行承包经营责任制，必须由承包经营者代表承包方同发包方订立承包经营合同，并经公证机关公证。
