２．社会公益事业、技术基础、农业科学研究类型的科研单位，科学事业费仍由国家拨给，实行与任务挂钩，经费包干的原则。各科研单位要制定年度事业计划（课题，任务数，课题进度，推广成果数，予算外收入数等等），经主管部门审核，同级科委批准后，据以核定事业费指标。
要鼓励和推动这些科研单位在完成事业计划的前提下，利用本单位人力、设备、技术等条件为社会提供各种服务、技术转让、出售试验产品等等，增加收入，顶抵科学事业费。要促使这类科研单位的经费管理向技术开发类型过渡和转变。这些科研单位取得的纯收入不超过本单位当年包干事业费２０％的，全部留给本单位；超过２０％的部分，一半用于冲抵下一年度本单位事业费拨款，一半留给本单位。本单位留用部分（含不超过包干事业费２０％的留用部分），分别用作发展基金、福利基金和奖励基金，其中发展基金不得少于５０％。
３．基础研究类型的科研单位，其研究经费应该逐步做到主要依靠申请自然科学基金，国家只拨给一定额度的事业费，以保证必要的经常费用和公共设施费用。
４．多种类型的科研单位（指含技术开发类型和技术基础类型），其科学事业费按照科学技术活动分类的比例，由多种渠道解决。
第四条 技术开发型科研单位，实行减拨科学事业费比例与发放奖金免税限额挂钩的办法。凡科学事业费拨款全部减完的科研单位，全年发放奖金的免税限额为人均三个半月基本工资；减拨比例达到或超过７０％，全年免税限额为人均三个月基本工资；减拨比例达到或超过５０％，而低于７０％，全年免税限额为人均二个半月基本工资；减拨比例达到或超过３０％，而低于５０％，全年免税限额为人均二个月基本工资；减拨比例达到或超过１０％，而低于３０％，全年免税限额为人均的一个半月基本工资；减拨比例低于１０％的，全年免税限额为人均一个月基本工资。
基础研究类型科研单位的奖金免税限额，按其事业费转入自然科学基金的比例计算；社会公益事业、技术基础、农业科研类型的科研单位，依其将收入抵顶事业费拨款的比例计算。比照上述分档原则确定。减拨、顶抵事业费的比例均以一九八六年划转各级科委的事业费指标为基数。
科研单位全年发放奖金总额超过上述规定免税限额的部分，按照超额累进税率征收奖金税。全年发放奖金总额超过规定免税限额一个月基本工资以内的部分，税率为２０％；超过一个月以上至二个月的部分，税率为５０％；超过二个月以上至三个月的部分，税率为１００％；超过三个月以上部分，税率为２００％。科研单位，如完不成减拨科研事业费比例的，一般不得超发奖金。
第五条 凡符合条件的科研单位，要建立基金制。其事业发展基金、职工福利基金和职工奖励基金提取的比例，应于年初将收、支及减拨（顶抵）经费预算的年度财务计划报主管部门审核，由同级科委会同级财政部门批准。单位不报上述计划或计划编报不符合财政部门规定要求的，不论其收入多少，奖金免税限额均按一个月基本工资额核定。
