凡做到经费部分自给的单位，在全面完成科技经济综合考核指标，科研业务等收入比上年增加的前提下，奖金水平可适当高于一般科研单位。凡主要靠事业费结余发奖的单位，发奖标准仍应按原规定执行。
农业科研单位、为社会公益事业服务的科研单位实行以上发奖办法可免交科技开发基金。
试点单位原有的平均主义综合奖、要根据按劳分配原则，改为采取浮动工资、浮动津贴、课题承包、各种单项奖，或采取自费工资改革的形式，使奖励与承担的责任和贡献大小直接挂钩。
试点单位除按国家统一规定进行调资外，有权给贡献突出的职工晋升工资，晋升面一般可掌握在百分之一。
试点单位对作出较大贡献的科技人员，每年可给以二个星期的休假，或组织休养，其费用可由集体福利基金支付。
根据有奖有罚，奖勤罚懒的原则，试点单位未能完成科技经济综合考核指标，应相应扣发单位的奖金，所级领导干部的奖金及部分工资。单位内部对未完成任务的科技人员和职工，也应扣发、不发奖金或扣发部分基本工资。对严重失职人员，所长有权给以必要惩处，直至开除处分。
七、实行有偿合同制要坚持以科研为主的方向。
科研单位的改革要以促进科技进步为目的。不能因为要实行有偿合同制，便以收入多少为转移。因此，在改革中要注意处理好以下几个关系问题。
１、要处理好计划任务与委托任务的关系。计划任务是上级下达的任务。今后这类任务要以签订合同的形式下达。科研单位应积极承担这样的任务，并保证按进度要求完成。委托任务是计划外的任务，一经签订合同，就具有契约性质，应认真履行合同规定。在通常情况下，委托任务要服从计划任务。要在保证完成计划任务的前提下，尽可能挖掘潜力，积极承担委托任务。不能颠倒这种关系。
２、要处理好为行业服务与为社会服务的关系。科研单位要按专业分工，积极完成行业提出的科研课题，为行业服务，同时，要打破部门所有或地区所有的束缚，面向社会，从社会需要中寻找课题，更好地发挥科研单位的作用。对于在具体工作中可能发生的矛盾，要根据轻重缓急，加以妥善安排，避免发生不协调的现象。
３、要处理好当前课题和长远课题的关系。实行有偿合同制，科研单位的经费来源主要是合同收入。合同周期有短有长，这便可能出现重当前课题轻长远课题的现象。不处理好这两种课题之间的关系，对科技发展是不利的。当前的课题是急需的，可以较快取得效益，长远课题则是为经济发展作技术储备，可能短期难以取得效益。但没有技术储备，就会影响今后经济和科技的发展。在实行有偿合同制的改革中，科研单位决不能忽视了这种课题的研究。
