一切有废水排入上述水域的单位应在本条例生效后三个月内，向所在区、县环境保护部门提出污染物排放申请，由环境保护部门按照污染物排放总量控制的要求进行审核、批准， 统一颁发《排污许可证》。 各排污单位应按规定排放污染物，并交纳排污费。未经许可，不准擅自排放污染物。
污染物排放总量控制的具体办法，由上海市环境保护局制订。
各单位必须接受环境监测部门的现场抽查。
第七条 市环境保护局应当根据本条例第三条规定的水质标准，按地区按单位确定污染物排放总量指标；产生污染的单位必须按规定建立环境保护目标责任制，完成治理任务；上级主管部门应当把完成水源保护工作作为考核下属单位的一个专项指标，未完成治理任务和超过核定的污染物排放总量指标的单位，不得评为先进，不得晋升企业的等级。
对污染严重需要易地治理的单位, 由环境保护部门提出报告, 同级人民政府应当及时作出限期搬迁的决定, 环境保护部门应当监督实施。
环境保护部门未依法履行职责的，应当追究其行政负责人的责任。
第八条 在水源保护区和准水源保护区内，污染物排放总量控制指标可以在区、县范围内综合平衡。一切新建、扩建或改建项目的污染物排放量，必须控制在该地区的污染物排放总量控制指标内，并须执行建设项目环境保护的有关规定。
一切新建单位只能有一个排污口；一切扩建、改建项目不得增建新的排污口。原有的排污单位应结合技术改造进行下水道整治和改造，逐步做到清浊分流，一个单位一个排污口。所有的排污口必须留有监测孔。
第九条 淀山湖是水源保护区的重点水域。淀山湖的建设要以保护水源为前提，疗养院和风景游览项目的建设和规模应严格控制，并应建有相应的治理污染设施。湖体及沿湖纵深五公里陆域内，不得建设其他污染水体的项目。
第十条 在水源保护区和准水源保护区内，凡已建有污水处理设施的单位，必须遵守以下规定：
（一）保证污水处理设施正常运转，做好原始记录，定期向市或区、县环境保护部门和上级主管部门报告，不得弄虚作假。
（二）污水产生量不得超过污水处理设施的处理能力。
（三）不得擅自拆除或者闲置污水处理设施，确需拆除或者闲置的，应提前报请市或所在区、县环境保护部门批准，并核定污染排放量。
第十一条 排污单位发生事故或者其他突然性事件，造成或者可能造成水污染事故的，必须立即采取应急措施，消除或者减轻污染，及时通报可能由此受到危害和损失的单位，并向当地环境保护部门报告；船舶造成污染事故的，应立即向就近的港航监督机关报告，接受调查处理。
第三章 防止水源污染
第十二条 在水源保护区和准水源保护区内，禁止堆放、倾倒和挖埋粉煤灰、废渣、尾矿、油脚、放射性物品、有毒有害物品等各种固体废弃物。
