一切有废水排入上述水域的单位应在本条例生效后三个月内，向所在区、县环境保护部门提出污染物排放申请，由环境保护部门按照污染物排放总量控制的要求进行审核、批准， 统一颁发《排污许可证》。 各排污单位应按规定排放污染物，并交纳排污费。未经许可，不准擅自排放污染物。
污染物排放总量控制的具体办法，由上海市环境保护局制订。
各单位必须接受环境监测部门的现场抽查。
第七条 在水源保护区和准水源保护区内，污染物排放总量控制指标可以在区、县范围内综合平衡。一切新建、扩建或改建项目的污染物排放量，必须控制在该地区的污染物排放总量控制指标内，并须执行《上海市防止环境新污染暂行办法》等有关规定。
一切新建单位只能有一个排污口；一切扩建、改建项目不得增建新的排污口。原有的排污单位应结合技术改造进行下水道整治和改造，逐步做到清浊分流，一个单位一个排污口。所有的排污口必须留有监测孔。
第八条 淀山湖是水源保护区的重点水域。淀山湖的建设要以保护水源为前提，疗养院和风景游览项目的建设和规模应严格控制，并应建有相应的治理污染设施。湖体及沿湖纵深五公里陆域内，不得建设其他污染水体的项目。
第九条 排污单位发生事故或者其他突然性事件，致使污染物排放超过正常排放量，造成或者可能造成水污染事故的，必须立即采取应急措施，通知可能由此受到危害和损失的单位， 并向当地环境保护部门报告。 船舶造成污染事故的，应向就近的港航监督机关报告，接受调查处理。
第三章 防止水源污染
第十条 在水源保护区和准水源保护区内，禁止堆放、倾倒和挖埋粉煤灰、废渣、尾矿、油脚、放射性物品、有毒有害物品等各种固体废弃物。
临时堆放废渣、垃圾及其他无毒害固体废弃物，必须征得区、县环境保护部门同意，并须采取严格的防污措施。
第十一条 严禁在水源保护区和准水源保护区内使用有机氯农药和其他高残留农药，物资供应等部门不得销售有机氯农药和其他高残留农药。
存贮农药必须按有关安全管理规定严格执行；不得向黄浦江倾倒失效农药，不得利用黄浦江水体清洗包装器材。
