第十三条 稽查人员应当为稽查涉及的相关排污者保守商业和技术秘密。
第十四条 排污费征收稽查采取询问、调取查阅资料、现场核查等方式进行。
稽查人员调查取证时，应当制作笔录。
调取有关资料应当填写《调取资料清单》，一式两份。一份交被稽查对象，一份留存，所调取的资料原件应当自调取之日起60日内完整退还。
第十五条 负责稽查的环境监察机构应当于稽查结束后30日内制作《排污费征收稽查报告》，报本级环境保护行政主管部门。
第十六条 环境保护行政主管部门应当对《排污费征收稽查报告》进行审查并做出处理决定，制作《排污费征收稽查处理决定书》，送达被稽查对象，同时予以公告。
第十七条 对下级环境保护行政主管部门应当征收而未征收排污费，或者排污量核定与实际排污量明显不符以及未按照排污费征收标准计算排污费数额，导致少征收排污费的，上级环境保护行政主管部门应当责令限期改正。逾期不改正的，由上级环境保护行政主管部门直接责令排污者补缴排污费至其指定的商业银行或信用社（国库经收处），商业银行或信用社（国库经收处）应当于当日将收到的排污费按照国家规定的中央、地方预算比例解缴本级以上各级国库。
第十八条 经稽查，发现下级环境保护行政主管部门连续十二个月，对辖区内20家以上排污者应当征收而未征收排污费或者少征收排污费的，上级环境保护行政主管部门应当责令限期改正；逾期不改正的，可由上一级环境保护行政主管部门直接核定并征收该辖区内所有的排污费，期限不超过一年。
第十九条 对排污者拒缴、欠缴排污费行为，未依法催缴、未依法实施行政处罚或者未依法申请人民法院强制执行的，上级环境保护行政主管部门应当责令负责征收排污费的环境保护行政主管部门在7日内催缴，依法实施行政处罚或者依法申请人民法院强制执行；也可以直接责令排污者补缴排污费至其指定的商业银行或者信用社（国库经收处），商业银行或者信用社（国库经收处）应当于当日将收到的排污费按国家规定的中央、地方预算比例解缴本级以上各级国库。
