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税收专项检查是整顿和规范税收秩序工作的重要内容，各级税务机关要高度重视，将其作为一项长期性、基础性的税收工作和税务稽查的主要任务来抓。
（一）加强领导，周密部署
一是要建立税收专项检查工作组织领导机构。各级税务机关要及时成立以税务局主要领导任组长，稽查、征管、法规、税政等部门参加的税收专项检查领导小组，统一组织领导税收专项检查工作。各级稽查局要切实发挥牵头职责，做好组织协调和具体检查工作。二是要认真开展检查培训。各级税务机关要开展多种形式的检查培训工作，针对所检查行业的生产环节、生产工艺、生产流程等特点，结合该行业财务会计制度和以往案例，分析行业可能出现偷骗税的环节，对检查人员进行专门培训，使检查工作做到有的放矢，提高检查质量和效率。三是要加大宣传发动和案件曝光力度。要通过广播、电视、报刊 、网络等新闻媒体广泛开展税收专项检查的宣传发动工作，形成强大的舆论声势，扩大社会影响，提高纳税人对专项检查的认知度和依法纳税的自觉性，减少检查的困难和阻力。通过案件曝光，打击和震慑犯罪分子，教育和引导纳税人依法纳税。
（二）精心组织，科学实施
各级税务机关要认真研究、制定税收专项检查工作计划和检查实施方案，综合利用现有各种征管资料，对选定的行业和地区的总体情况进行梳理和分析，科学筛选检查对象，明确检查重点和检查要求。在选案过程中，对跨区域经营的大型跨国公司，有关部门要加强工作衔接和配合，避免重复检查；按照专项检查与大要案检查相结合、解剖式检查与行业检查相结合的原则，灵活运用交叉检查、集中检查、上查下等检查的方式方法。同时，各级税务机关要在专项检查工作中进一步落实总局关于开展分级分类检查和重点地区税收专项整治的工作要求。省级税务局稽查局要抽调业务能力强、政治素质高、作风过硬的人员组成重点检查组，直接组织对大型企业的检查和重点地区税收专项整治工作。
（三）注重协调，增强合力
各级税务机关在税收专项检查工作中要注重系统内外的部门合作，既要加强内部稽查、征管、税政等部门的协调配合，又要加强国地税之间、异地税务机关之间、税务与司法、海关、工商、银行等部门之间的协调配合，增强执法手段，减轻取证阻力，构建协税、护税、查税的“天罗地网”，有效形成执法合力。国、地税部门在检查中，要争取联合进户、资源共享、各税统查、分别入库，避免多头重复检查和税款流失；对检查未发现“偷、逃、骗、抗”等涉税违法行为但存在跨国关联交易转让定价避税问题的外商投资企业，要及时移交国际税务管理部门进行处理；各级税务机关要树立“全国一盘棋”的思想，高度重视案件协查工作，保证协查回复的及时性和准确性，以利于检查工作的顺利开展。各级税务机关还要积极向当地党委、政府汇报税收专项检查工作进展情况，及时请示，争取支持，确保专项检查工作顺利进行。
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