二、落实财政补助政策，按时足额拨付补助资金。地方各级财政部门要在年度预算中足额安排落实应由本级财政负担的新型农村合作医疗补助资金，并保证按规定及时拨付到位。要确保农民个人缴费资金、各级财政补助资金和其他资金及时足额纳入新型农村合作医疗基金专户，严禁滞留上级财政补助资金，更不得搞虚假配套资金。地方财政部门要按规定将经办机构人员经费和工作经费列入财政预算，保证经办机构开展业务所必需的经费，严禁从合作医疗基金中提取。
三、进一步加强新型农村合作医疗基金管理，确保基金安全。各省（区、市）要研究制定并完善新型农村合作医疗基金财务管理办法和会计核算办法，建立新型农村合作医疗基金专用账户，专户储存、专款专用。同时，按照《财政部、卫生部关于建立新型农村合作医疗风险基金的意见》（财社〔2004〕96号）要求，制定风险基金管理办法，建立风险基金制度。要严格基金支出管理，合作医疗基金只能用于规定的农民医疗费用补偿，并做到封闭运行，专款专用。任何地区、部门、单位和个人不得以任何借口挤占、挪用、冒领基金。
四、调整补偿方案，控制医药费用不合理增长，确保参合农民受益。各地要结合财政补助标准的提高，根据筹资总额和当地医疗费支出水平等因素，按照以收定支、收支平衡的原则合理调整合作医疗补偿方案，既要防范基金风险，又要兼顾农民受益程度。要按照《卫生部办公厅关于加强新型农村合作医疗定点医疗机构医药费用管理的若干意见》（卫办农卫发〔2005〕243号）要求，加强对定点医疗机构的监管，有效控制医药费用的不合理增长。同时，推行药品集中采购或跟标采购，保证药品质量，降低药品价格，确保农民受益。
五、加强监督与检查，建立健全监督体系。各省（区、市）要指导试点县（市、区）建立合作医疗财务管理制度、审核报销制度，引导试点地区逐步建立健全内部审计稽核制度，形成相互制约、相互监督的内部控制与监督制度。同时，加强外部监督力度，经办机构要定期向新型农村合作医疗监督委员会汇报试点运行情况，主动接受人大、政协的监督，自觉接受审计部门监督检查，定期或不定期向社会公布合作医疗运行情况和基金收支情况，主动接受社会监督。逐步形成以农村合作医疗监督委员会监管为主，内部监督、财政监督、审计监督以及社会监督有机配合的新型农村合作医疗监管体系。
