第十条 企业在申报项目时须经省级科技主管部门推荐。出具推荐意见前，须征求同级财政部门对项目的意见，并将推荐项目名单抄送省级财政部门备案。
第十一条 通过受理审查的项目，管理中心组织专家和评估机构进行评审、评估。根据评审、评估意见，管理中心本着“择优支持”的原则，提出创新基金支持的项目和金额建议，报科学技术部、财政部审批。经科学技术部、财政部审批的项目正式立项。
第十二条 创新基金项目实行合同管理，正式立项的项目由管理中心与项目承担企业、推荐单位签订合同。
第十三条 创新基金项目资金在合同签订后分两次拨付。
采用无偿资助方式支持的项目立项后拨付70%，项目验收合格后再拨付其余资金（第二次拨款）；采用贷款贴息方式支持的项目立项后按企业有效借款合同及付息单据核定的应贴息数额拨付80%，项目验收合格后再拨付其余资金（第二次拨款）。
第十四条 管理中心依据合同金额每年分批编制立项项目用款计划，报财政部审批。
第十五条 管理中心每年根据项目验收情况分批编制二次拨款计划，报财政部审核。
第十六条 财政部对管理中心报送的立项项目用款计划和二次拨款计划审核后，将创新基金项目资金指标下达到项目所在地省级财政部门，并按照财政国库管理制度的有关规定办理资金支付。
第四章 监督管理与检查
第十七条 省级科技主管部门负责当地创新基金项目的日常监督管理和验收工作；省级财政部门负责对当地创新基金的运作和使用进行监督、检查，参与项目的验收工作；管理中心负责制订项目监督管理和验收的工作规范，组织实施项目监督管理和验收工作，分析总结项目执行情况。
第十八条 项目承担企业应按要求定期填报监理信息调查表（半年报、年报）。省级科技主管部门可委托地市级科技主管部门或国家级高新技术产业开发区管委会对项目执行情况进行检查和监理。管理中心根据企业监理信息调查表、省级科技主管部门的监理意见、省级财政部门的检查意见、实地检查情况等，提出项目执行情况分析报告，报送科学技术部、财政部。
