第五条 凡直接从江河、湖泊或地下取用水资源的单位(包括中央直属水电厂和火电厂)和个人，均应按照本办法的规定缴纳南水北调工程基金。对中央直属电厂用水征收水资源费的具体办法，由发展改革委商财政部、水利部、电监会及6省市人民政府另行制定。
对农村中的农民生活用水和农业生产用水暂不征收南水北调工程基金。
第六条 南水北调工程基金的征收期限根据主体工程建设和偿还部分银行贷款本息所需资金情况确定。主体工程建设所需基金在工程建设期内筹集，偿还部分银行贷款本息所需基金在工程建设期满后筹集。工程建设期满后的基金征收期限和偿还部分贷款本息所需基金规模，由南水北调办会同6省市人民政府在主体工程建成时提出意见，经发展改革委、财政部、水利部审核后报国务院确定。
第七条 有关南水北调工程基金免税的政策，由财政部会同税务总局另行制定。
第八条 县级以上水行政主管等部门收取水资源费后，应在取得收入的当日，将其中的南水北调工程基金全额就地缴入中央国库，纳入中央财政预算管理。
第九条 县级以上水行政主管等部门使用“一般缴款书”办理缴库手续。在填写缴款书时，“财政机关”栏填写“财政部”，“预算级次”栏填写“中央级”，“预算科目”栏填写基金预算收入科目第8410款“南水北调工程基金收入”。
第十条 6省市人民政府要确保南水北调工程基金及时足额上缴中央国库。
第十一条 南水北调工程基金属于政府性基金，实行专款专用，年终结余结转下年度安排使用。
南水北调工程基金专项用于南水北调主体工程建设。南水北调工程建设期满后，南水北调工程基金用于偿还南水北调主体工程部分银行贷款本息。
第十二条 南水北调工程基金全部作为地方资本金使用，6省市在南水北调工程项目中所占股份，根据各自筹集上缴中央国库的基金数额确定。
第十三条 南水北调工程基金的使用，由南水北调工程项目法人根据批准的工程设计文件、投资来源和工程建设进度提出年度投资建议计划，报南水北调办审查，并由南水北调办报发展改革委审核后，纳入国家固定资产投资计划。财政部根据批准的年度投资计划和南水北调工程基金收入预算安排资金，并按有关规定办理拨款和监督管理。
第十四条 南水北调工程基金支出，填列基金预算支出科目第8410款“南水北调工程基金支出”。
