水资源使用权制度主要包括以下内容。
1．水权分配
（1）建立流域水资源分配机制，制定分配原则，明确分配的条件、机制和程序。重点工作是研究区域水资源额度的界定，包括水资源量的配置额度和水环境容量的配置额度。
（2）建立用水总量宏观控制指标体系。对各省级区域进行水量分配，进而再向下一级行政区域分配水量，流域机构和区域负责向用水户配置水资源。区域配置的水资源总量不超过区域宏观控制指标，流域内各区域配置的水资源总量不超过流域可配置总量。
（3）建立用水定额指标体系。合理确定各类用水户的用水量，为向社会用水户分配水权奠定基础。制定各行政区域的行业生产用水和生活用水定额，并以各行各业的用水定额为主要依据核算用水总量，依据宏观控制指标，科学地进行水量分配。
（4）建立水权的登记及管理制度。对用水户的初始水权进行登记和确认，保证初始水权的基本稳定，并对初始水权的调整、流转和终止进行规范。
（5）制定水权分配的协商制度。建立利益相关者利益表达如听证等机制，实现政府调控和用水户参与相结合的水权分配的协商制度。
（6）建立对各类水使用权分配的规范。建立和完善水能、水温、水体、水面及水运使用权的配置制度，建立健全相关监管制度，规范利用市场机制进行配置的行为。
（7）完善大型用水户和公共取水权的配水机制。建立配水方案制定、调整以及相关用水户参与的相关制度。
（8）建立公共事业用水管理制度，保障救灾、医疗、公共安全以及涉及卫生、生态、环境等突发事件的公共用水。
（9）建立生态用水管理制度，强化生态用水的管理，充分考虑生态环境用水的需求。
（10）制定干旱期动态配水管理制度、紧急状态用水调度制度。规定特殊条件下水量分配办法，对特殊条件和年份（如干旱年）各类用水水量进行调整和分配。
2．取水管理
（1）修订《
取水许可制度实施办法》。
（2）制定
取水许可监督管理办法。对取得取水许可的单位和个人进行监督管理，包括对水的使用目的、水质等方面的监督管理。
（3）制定国际边界河流和国际跨界河流取水许可管理办法。对于向国际边界河流和国际跨界河流申请取水的行为进行许可管理，包括取水限额、取水河段、水质要求等。
（4）制定取水权终止管理规定，明确规定取水权的使用期限和终止时间。
（5）建立健全水资源有偿使用制度，尽快出台全国水资源费征收管理法规。为了进一步规范水资源费的征收和管理，应制定出台全国性的水资源费征收管理的法规，各地据此修订地方水资源费的征收和管理实施办法。
3．水资源和水环境保护
