税务机关在使用“增值税一般纳税人申请认定”模块受理一般纳税人认定申请时，由税务人员根据纳税人提供的相应资料，判断其属于小型商贸企业还是大型商贸企业，是否符合辅导期一般纳税人的要求，是否符合正式一般纳税人的条件，确定是否同意将其认定为一般纳税人，并且明确认定为辅导期一般纳税人还是正常式一般纳税人。最后将认定结果录入到综合征管软件中。对于辅导期结束，满足正式一般纳税人条件的，也通过“增值税一般纳税人申请认定”模块将纳税人认定为正式一般纳税人。
　　（二）辅导期一般纳税人发票管理
　　1、发票票种核定环节：税务人员在对辅导期一般纳税人进行票种核定时，根据手工审批文书，按照以下原则进行票种鉴定：纳税人持票最高数量为25份，每次购票最高数量为25份。
　　2、发票发售环节：每月第一次对辅导期一般纳税人进行增值税专用发票发售时，要求纳税人提供上月发票使用情况，根据上月使用情况确定此次专用发票的份数，如果上月不存在未使用的专用发票，则此次发售的最高份数与上月相同，如果存在未使用的专用发票，则最高份数为票种核定时的每次最高购票量与未使用发票的差额。如果不是该月第一次专用发票发售，则要求纳税人提供上次所购专用发票的使用情况及按专用发票销售额4％预缴的完税凭证，根据纳税人所提供资料确定是否允许纳税人在该月增购发票。且当纳税人当月第二次进行专用发票购买时，要求纳税人首先进行发票验旧（根据纳税人专用发票使用情况进行结果录入，这样可以控制纳税人持有的发票份数不超过票种核定的纳税人持票最高数量）。
　　（三）对转为一般纳税人的审批及管理
　　对于纳税辅导期达到6个月的一般纳税人，纳税人可以向税务机关申请进行增值税一般纳税人认定，税务人员在核实纳税人满足一般纳税人条件后，通过“增值税一般纳税人申请认定表”文书模块，将纳税人认定为正常的一般纳税人；如果纳税人不满足一般纳税人条件，且应取消一般纳税人资格，则可以拒绝申请，并通过“取消增值税一般纳税人资格申请审批”文书模块，取消纳税人辅导期一般纳税人资格；对于需要延长辅导期的纳税人，可以将纳税人再次认定为辅导期一般纳税人。
　　操作流程：
　　1、在“取消增值税一般纳税人资格审批表”模块支持取消辅导期一般纳税人资格。对于辅导期达到6个月后，不满足一般纳税人条件的纳税人，通过该模块取消其辅导期一般纳税人；
　　2、对于需要延长辅导期的一般纳税人，允许再次使用“增值税一般纳税人申请认定表”核定为辅导期一般纳税人；
　　（四）转为正常一般纳税人的管理

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