每一申报项目由评审委员会主任在征得评审委员本人同意后，指定一名评审委员为其主审人，一名或多名评审委员为其副主审人。
评审委员依据各申报项目性质，分别按照环境保护技术类研究项目和环境保护软科学类研究项目评审的指标体系，对申报项目进行评议，并由全体参会评审委员投票确定获奖项目及其奖励等级。
评审委员会评审项目时，须保证全体委员的三分之二以上（含三分之二）委员参加会议，并参加投票表决。
（一）环境保护技术类研究项目评审指标为以下十项：
1、环境技术创新程度
2、项目难易程度或复杂程度
3、主要环保技术经济指标的先进程度
4、总体环保技术水平
5、已获经济效益及投入产出比
6、社会效益、环境效益
7、发展前景及潜在效益
8、转化、应用、推广程度
9、对产业结构优化升级或实现技术跨越的作用
10、对推动环保科学技术进步的作用
（二）环境保护软科学类研究项目评审指标为以下八项：
1、观点、方法和理论的创新性
2、工作难易程度或复杂程度
3、对环境决策科学化和环境管理现代化的作用和影响
4、研究成果科学价值和意义
5、研究成果转化推广程度
6、已实现的社会效益、环境效益及经济效益
7、环境科研项目投入规模及其效益
8、发展前景及潜在效益
第二十四条 一等奖项目须得到参加投票评审委员二分之一以上（不含二分之一）的赞成票，二、三等奖项目须得到参加投票评审委员二分之一（含二分之一）的赞成票，方可生效。
第二十五条 参评项目环保科技奖候选人不得担任评审委员，本单位有参评项目的评审委员不得担任该项目的主审人或副主审人。
评审委员和相关的工作人员应当对候选人和候选单位所完成项目的技术内容、知识产权及评审情况严格保密。
第二十六条 获奖项目实行名额限制，具体限额根据当年项目申报情况，由奖励工作办公室提出建议，评审委员会会议决定。
第二十七条 环保科技奖单项授奖人数和授奖单位数实行限额。一等奖人数不超过15人，单位不超过7个；二等奖人数不超过9人，单位不超过5个；三等奖人数不超过5人，单位不超过3个。
