（三）规范设置基本农田保护标志。基本农田保护区要设立明显的保护标志。基本农田保护标志可以统一设计，保护标志应包括基本农田的位置、面积、地类、四至、责任人、基本农田“五个不准”等方面的内容。对已经发生损毁的标志要尽快修复，对没有按要求设置的要尽快完善。
（四）基本农田保护责任要落实到位。基本农田保护责任要通过签订责任书的方式逐级落实。基本农田保护责任书应以行政村为单位与乡级政府签订，设置村民小组的要签到村民小组，在此基础上，可通过在农村土地承包书标注基本农田面积的形式落实到承包农户，明确承包农户保护基本农田的权利、责任和义务。基本农田面积与农户承包合同不一致的，可按承包面积落实到农户。对基本农田保护责任书落实到农户有困难的，可在行政村或村民小组的责任书后附农户亲笔签名的名录。
二、妥善处理基本农田用途变化中的有关问题，稳定基本农田面积和质量
（五）分类处理农业结构调整中基本农田利用的有关问题。对于农业结构调整占用基本农田的，要在摸清情况的基础上，区别情况，分类处理。不得以农业结构调整的名义，减少基本农田保护指标，建设永久性建筑或进行其他破坏耕作层的活动。对于不破坏耕作层的农业结构调整，可以保持现状，必须作为基本农田加以保护，严禁非农建设占用；对耕作层和农业生产条件造成破坏的，要限期恢复耕作条件；对于破坏严重，难以恢复耕作条件的要在依法处理后进行补划。农业建设用地布局要与基本农田保护规划衔接，农产品加工、储藏和养殖业等不得占用基本农田，确保基本农田数量、质量和布局的稳定。
（六）制止和处理好在基本农田上植树造林的行为。禁止地方政府或部门与企业、企业与农户签订在基本农田上种树的合同。对于已签合同，但尚未履约的，应立即废止合同。不得编制在基本农田种树、进行生态退耕等规划和计划，已经编制的要进行修改。对于在国发明电[2004]1号文件下达之前发生的基本农田种树行为要视情况处理。已经接近砍伐期的，要在砍伐结束后，尽快恢复耕种，并不得再执行或续签协议；对于刚刚栽上树苗的，可以移植到荒山、荒地、空闲地等适宜种树的土地上，并恢复基本农田耕种条件。
（七）妥善处理生态退耕中涉及基本农田的有关问题。对违反生态退耕政策已经退耕的位于平坝缓坡并且土壤条件和耕作条件良好的基本农田，以及绿色通道建设占用的基本农田，要作为可调整地类，仍按基本农田保护，并要限期恢复耕作条件。对于退耕的25度以上坡度或严重沙化的基本农田，不再作为基本农田，减少的基本农田可从通过土地开发整理复垦新增加的耕地等基本农田后备资源中进行补划，并依法对土地利用总体规划进行相应的调整。基本农田后备资源短缺的待土地利用总体规划修编时统筹考虑。对于生态退耕造成基本农田减少的要如实填报，在基本农田保护图上明确标绘位置和数量。
