第十三条 民航总局清算机构应以航空运输企业本部及其独立核算的子公司为开单结算对象。国内航线实行代码共享的航班，以执行航班的航空运输企业作为开单结算对象，民航基金在实行代码共享的航空运输企业之间的分摊、结算由航空运输企业自行决定。
第十四条 国内联程、经停航班以两点间航段作为航线归类、统计和结算依据。备降航班按原计划飞行的航线、航班计算征收民航基金。
第十五条 航空运输企业收到民航基金结算账单后，应认真核对有关民航基金信息和金额，并于收到民航基金结算账单后7个工作日内，将应缴民航基金全额缴入财政部批准民航总局设立的预算收入汇缴专用存款账户，民航总局应当在收到航空运输企业汇缴民航基金的当日内，向航空运输企业开具财政部统一印制的政府性基金票据，并将民航基金全额上缴中央国库。缴库时使用“一般缴款书”，填列政府预算收支科目“基金预算收入科目”第80类“工业交通部门基金收入”第8007款“民航基础设施建设基金收入”。民航基金收入退库应严格按照财政部有关规定执行。
第十六条 航空运输企业缴纳的民航基金在当期运输成本中列支。航空运输企业缴纳民航基金的会计核算办法，由财政部另行制定。
第十七条 民航总局清算机构征收民航基金所需费用，列入民航总局部门预算。
第四章 使用和管理
第十八条 民航基金专项用于民航安全、空管、机场、科教、信息等基础设施的建设，以及国务院或财政部批准的其他支出，并适当向中西部地区和东北地区机场倾斜。民航科教、信息等非生产性建设支出要从严控制，原则上不得超过当年民航基金收入总预算的5％。
第十九条 除财政部另有规定外，民航基金使用单位收到财政部拨付的民航基金时，作为增加国家资本金处理。
第二十条 民航基金实行财政预决算审批制度。民航总局根据民航基金使用范围、年度征收情况、投资需求和项目前期准备情况，按照预算管理的有关规定，随部门预算一并编制民航基金收支预算，报经财政部批准后实施；年度终了后按规定编制民航基金收支决算报财政部审批。
