第六条 财政部、卫生部根据各地医疗卫生资源现状和财力状况、疾病流行情况和当年实际需要、专项资金使用效益和管理等情况，统筹考虑中央和地方有关部门、国外贷款等渠道已安排的各项资金，综合平衡后，研究提出资金分配方案，并组织专家进行评审后按程序确定。
第七条 中央财政用于提高医疗卫生服务能力、建立健全卫生监管体系、监督执法及重大疾病预防控制等业务工作的专项资金按项目进行管理。卫生部、财政部根据专项资金用途研究确定具体项目管理方案，卫生部门具体负责项目实施工作。项目实施单位必须指定合格的专兼职财务人员，负责项目资金管理。
第八条 省级财政、卫生部门在收到中央财政专项资金补助和项目管理方案后，应结合本地实际情况和本级财政安排的资金，并参照中央专项资金分配办法和项目管理方案要求，及时将中央专项资金和省级补助资金分配到省级项目实施单位和市（地）或县（市）。同时将资金分配和拨付文件抄送财政部驻当地财政监察专员办事处（以下简称财政专员办）。
第九条 项目实施所需设备等按照《
政府采购法》的规定实行招标采购。大宗物品采取中央招标、地方采购的运作方式，即由卫生部、财政部统一组织集中招标，地方在中标范围内认购，自行与供应商签订合同并付款、验收。零星物品等采购由省级卫生、财政部门按规定采购。
第十条 地方各级卫生部门和财政部门要按照卫生部、财政部核定的项目管理方案和有关规定安排使用专项资金，一般不作调整。如遇有特殊情况需调整项目或项目具体内容的，由省级卫生部门、财政部门报卫生部、财政部备案。
第十一条 专项资金要按照国家有关法律、法规和财务规章制度和项目实施方案的规定，专款专用。任何单位和个人不得以任何形式平调、挤占和挪用；不得用于卫生部、财政部下达项目管理方案规定用途之外的项目以及国家规定不得列支的其他费用；不得用于基本建设或抵充行政事业经费；不得用于各种罚款、偿还债务、捐赠赞助、对外投资等支出。
对出现虚报有关情况骗取中央财政补助、擅自变更项目内容、挪用专项资金、地方应安排资金不能按照到位、不按期报送有关材料等问题，卫生部和财政部根据具体情况和有关规定停止拨款、暂停安排新的补助项目或收回专项资金。
第十二条 已批准并拨款的项目，在规定时间内未按规定执行的，卫生部和财政部将收回资金。
