3.关于合并简化建设程序问题。《项目管理办法》规定，小型和限额以下项目可根据实际需要，适当合并简化程序。《申报审批规定》对“简化程序”的适用范围予以了界定。对农业部利用中央预算内投资安排的建设内容比较简单、中央投资规模小于100万元（不含100万元）的地方和直属（直供）垦区的项目，可适当简化、合并相关程序。由农业部有关行业司局根据项目申请文件，直接提出项目计划安排意见（要列明具体建设内容和规模），报农业部发展计划司综合平衡后，列入年度投资计划。
4.关于加强项目变更管理。建设项目擅自改变建设内容情况较为普遍，为加强中央投资管理，《申报审批规定》第十二条规定，建设项目发生重大变更应重新报批可行性研究报告。重大变更主要包括五个方面：变更建设地点，变更建设性质，变更建设单位，变更建设内容、建设标准、建设规模导致项目主要使用（服务）功能发生变化的，初步设计概算的总投资超过立项批复总投资10%以上（含10%）的，或者实施过程中投资变动超过批准的项目总投资10%以上（含10%）的。其他变更需要原审批部门审批。
（二）《农业基本建设项目招标投标管理办法》（以下简称《招标投标管理办法》）。该办法主要根据《
中华人民共和国招标投标法》和国家计委令第18号《
国家重大建设项目招标投标监督暂行办法》、第12号《
评标委员会和评标方法暂行规定》、第3号《
工程建设项目招标范围和规模标准规定》等法律及规章，结合农业建设项目的实际情况，进一步细化、规范了有关规定。该办法主要的规范对象是农业建设项目承担单位，并对以下三个方面作了详细的规定：一是关于招标投标程序和部门职责分工，二是关于招标的规定，包括招标标准、招标组织形式、招标方式、招标条件、招标文件要求等，三是关于投标、开标、评标、中标的程序和方法的规定。在招标投标活动中，农业行政主管部门的主要职责是指导、监督、检查建设单位贯彻执行有关招标投标规章，组建建设项目评标专家库，根据《
中华人民共和国招标投标法》和《项目管理办法》第二十三条的规定，审核审批项目招标方案，并组织重大农业基本建设项目的招标活动。
（三）《农业基本建设项目竣工验收管理办法》。随着农业投资的逐年增长，农业建设项目竣工验收工作严重滞后，固定资产交付使用率低已经成为农业建设项目的一大问题。主要原因在于现在实行的《农业基本建设计划管理办法》规定的项目竣工验收权限主要集中在农业部各行业管理司局，各司局项目竣工验收任务较重，难于及时完成；发展计划司与各行业管理司局之间的验收职责、分工不明确；项目竣工验收程序、验收内容没有明确的制度规范。制订竣工验收办法的基本的指导思想是明确责任，规范程序，提高效率。主要内容包括农业部各司局、农业部与省级农业行政主管部门的职责分工；竣工验收的条件和验收内容；竣工验收的程序与组织等规定。
关于竣工验收管理权限的规定。《竣工验收管理办法》第四条规定，中央投资3000万元以上的地方及农业部直供垦区的项目，中央投资1000万元以上的农业部直属单位承担的行业基本建设项目和中央投资200万元以上的农业部直属单位承担的本单位基础设施建设项目，由发展计划司牵头组织竣工验收；中央投资3000万元以下、600万元以上的地方及农业部直供垦区的项目，中央投资1000万元以下、200万元以上的农业部直属单位承担的行业基本建设项目由各行业司局牵头组织竣工验收。
