（三）关于基本建设程序和年度计划下达问题。《项目管理办法》第八条提出，农业基本建设项目必须严格按基本建设程序做好前期工作，并对项目建议书、可行性研究报告、年度投资计划下达提出了具体要求。
改进投资计划下达方式，既是落实基本建设程序的要求，也是加快项目建设进度、提高资金使用效率、避免大量建设资金闲置的有效措施。《项目管理办法》第十九条提出，建设项目必须完成可行性研究报告、初步设计审批后，方可列入年度投资计划。农业基本建设项目投资计划按建设进度统一分批下达。
（四）关于严格执行基本建设项目期限问题。针对目前建设项目年度投资计划下达后项目不能如期开工，导致建设期限延长，大量建设资金闲置问题，《项目管理办法》第二十九条提出，建设单位必须在项目纳入农业部年度投资计划并下达第一次项目投资计划后的6个月内开工。因故不能按期开工的，必须向农业部发展计划司申请延期开工；延期以两次为限，每次不超过3个月。农业部第一次下达项目投资计划后，既不开工又不申请延期，或者因故不能按期开工超过6个月的，农业部将暂停下达项目投资计划，责令限期整改；整改达不到要求的，撤销建设项目，收回已下达的投资。
四、几个配套管理办法的说明
（一）《农业基本建设项目申报审批管理规定》（以下简称《申报审批规定》）。该办法主要规范了我部各司局、各级农业行政主管部门、农业部直属单位在项目管理上的职责分工及项目管理程序，规范的对象主要是农业行政主管部门。制定该办法的基本思路是：按照分级管理的原则界定项目审批权限，按照效率优先、权责统一的原则规范项目审批责任及审批程序。《申报审批规定》主要包括以下三方面的内容：各部门的职责分工，项目投资指南编制及项目评审的程序和要求，项目立项审批、变更审批程序及投资计划下达的程序和要求。
1.关于农业部各司局的项目管理职责。农业部各司局的项目管理职责主要在相关配套管理办法中予以了规范。《申报审批管理规定》规定，发展计划司负责农业建设项目管理的法规、政策制定，提出年度投资计划总体方案和项目前期工作计划，统一审批基本建设项目，下达年度投资计划，归口管理农业基本建设项目的勘察设计、招标投标、工程监理、监督检查及竣工验收等工作。财务司负责农业基本建设项目的基建财务管理，监督检查项目资金使用情况，审核、审批直属单位项目竣工财务决算。各行业司局负责提出本行业投资计划建议，初选本行业基本建设项目，根据授权审批初步设计概算，组织本行业项目的实施，管理本行业项目的勘察设计、招标投标、工程监理、日常监督检查及竣工验收等工作。《农业基本建设项目招标投标管理办法》、《农业基本建设项目竣工验收管理办法》及《农业建设项目监督检查管理办法》分别具体规定了发展计划司和各行业司局在项目招投标管理、竣工验收和监督检查中的职责分工。
关于初步设计审批权限的规定。《项目管理办法》第十三条和《申报审批规定》第七条规定，中央投资600万元（含600万元）以上的地方和直供垦区承担项目的初步设计，由农业部行业司局负责审批；中央投资600万元以下的项目，由农业部委托省级人民政府农业行政主管部门评估和审批，批复文件抄报农业部备案；农业部直属单位基本建设项目的方案设计、初步设计与概算由农业部发展计划司负责审批。
2.关于项目立项决策程序。根据发展计划司2003年5月上报、各位部领导圈阅同意的《关于进一步规范我部基建项目决策程序的意见》，《申报审批管理规定》规定，年度项目投资指南、年度农业基本建设投资计划总体方案、中央投资600万元以上的单个项目、需国家发改委审定同意的重要的集成类项目，由发展计划司提交部常务会议审定，并由主管部长审批。
