根据部领导关于加强项目管理的一系列指示精神和国家有关规定，发展计划司自2003年10月起，开始着手《农业基本建设项目管理办法》及其配套规定的起草工作，2003年11月在全国农业计划工作会议上征求了与会代表的意见。2004年3月份再次征求我部相关司局和12个省（区）农业行政主管部门的意见，并召开座谈会听取我部有关行业司局的意见；4月份在政策法规司的主持下作了进一步修改，形成了《农业基本建设项目管理办法》及其配套规定的草案。
二、制定的指导思想
（一）项目管理由计划管理为核心向全方位的项目管理转变。将《农业基本建设计划管理办法》更名为《农业基本建设项目管理办法》（以下简称《项目管理办法》），在继续加强投资计划管理的同时，加强项目招投标、合同、监理、竣工验收、后评价及监督检查等环节的管理。
（二）统筹考虑，完善制度，建立农业项目管理制度体系。《农业基本建设项目管理办法》是关于农业项目建设和管理的一个基础性、纲领性规章。配合该规章，制订《农业基本建设项目申报审批管理规定》、《农业基本建设项目招标投标管理办法》、《农业基本建设项目竣工验收管理办法》、《农业建设项目监督检查办法》四个管理规定，综合形成农业项目管理框架体系。
（三）按照权责统一的原则下放部分项目管理权限，提高项目管理效率。按照权责统一、管理高效、加强监督、运行有序的原则，明确省级农业行政主管部门的项目管理权限和责任，将更多的项目管理权责下放给省级农业行政主管部门，提高项目建设和管理效率。
（四）精简内容，突出重点，细化规定。精简《
农业部基本建设计划管理办法》，对应由《项目管理办法》规范的，或配套规定不再涉及的内容，由《项目管理办法》作出具体、明确的规定。对可由相关配套管理规定具体规范的，《项目管理办法》仅作原则性规定。
（五）明确责任，分工负责。《项目管理办法》将进一步强调落实建设项目行政领导责任制、项目法人责任制和工程质量终身负责制，明确各部门、各项目单位及相关人员在项目建设实施中各自应负的责任。
（六）与国家投资体制改革相衔接。按照国家投资体制改革的思路，对中央参与投资的项目加强监管，对全额或主要由中央投资的项目按照原程序、原办法审批，但实行更严格的管理。
三、对《农业基本建设项目管理办法》的说明
（一）关于农业部、省级农业行政主管部门的项目管理职责。《农业基本建设项目管理办法》第四条规定，农业部主要是项目归口管理，包括制定农业基本建设投资计划，审批基本建设项目，管理基本建设项目的基建财务、招标投标、工程监理、竣工验收及监督检查工作。省级农业行政主管部门主要是项目实施管理，包括项目的规划布局、前期工作、组织实施、落实配套资金、监督检查等。《项目管理办法》第十三条和《竣工验收管理办法》第四条分别将中央投资600万元以下的项目初步设计审批和竣工验收委托省级农业行政主管部门办理。
（二）关于贯彻落实农业基本建设项目领导责任制。根据《国务院
关于加强基础设施工程质量管理的通知》（国办发[1999]16号）、《农业部关于加强项目管理的意见》（农计发[2003]18号）及国家发改委有关规定，《项目管理办法》规定农业建设项目实行领导责任制，包括行政领导责任制、项目法人责任制、工程质量责任制。各级农业行政主管部门负责人对本辖区农业建设项目的实施负领导责任。项目建设单位的法定代表人对项目申报、实施、质量、资金管理及建成后的运行等负总责。项目勘察设计、施工、监理等单位法定代表人按照各自职责对所承建项目的工程质量负终身责任。
