（一）地方税务局在受理自开票纳税人纳税申报和中介机构代开票清单及代征税款时，要对其申报的纸质清单汇总数与电子信息汇总数以及缴纳税款数进行核对。
（二）国家税务局在受理增值税一般纳税人货物运输业发票申报抵扣时，要严格核对其申报的纸质清单汇总数与电子信息汇总数是否一致，录入的清单信息是否准确、规范。
十、关于货运发票的抵扣问题
（一）增值税一般纳税人外购货物（固定资产除外）和销售应税货物所取得的由自开票纳税人或代开票单位为代开票纳税人开具的货物运输业发票准予抵扣进项税额。
（二）增值税一般纳税人取得税务机关认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输业发票准予计算抵扣进项税额。准予抵扣的货物运费金额是指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用；装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。
（三）增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣。
（四）增值税一般纳税人在2004年3月1日以后取得的货物运输业发票，必须按照《增值税运费发票抵扣清单》的要求填写全部内容，对填写内容不全的不得予以抵扣进项税额。
（五）增值税一般纳税人取得的联运发票应当逐票填写在《增值税运费发票抵扣清单》的“联运”栏次内。
（六）增值税一般纳税人取得的内海及近海货物运输发票，可暂填写在《增值税运输发票抵扣清单》内河运输栏内。
十一、关于协调配合问题
（一）地方税务局要按照有关规定的要求，将自开票纳税人和地方税务局、代开票中介机构开具的货物运输业发票的有关信息及时传送给国家税务局，国家税务局和地方税务局要建立密切、畅通的信息交换制度，切实落实好“三个办法和一个方案”。
（二）地方税务局要加强与交通管理部门的协作，将纳税人认定情况与交通管理部门发放的道路运输经营许可证、水路运输经营许可证情况进行逐户核对，凡对外提供货物运输劳务的单位和个人都要纳入税收管理。
十二、关于代开票中介机构管理问题
