五、关于税款核定征收问题
（一）按照《试行办法》的规定，对代开票纳税人实行定期定额征收方法。凡核定的营业额低于当地确定的营业税起征点的，不征收营业税；凡核定的营业额高于当地确定的营业税起征点的，代开发票时按规定征收税款。
（二）单位和个人利用自备车辆偶尔对外提供货物运输劳务的，可不进行定期定额管理，代开票时对其按次征税。
（三）代开票纳税人实行定期定额征收方法时，为避免在代开票时按票征收发生重复征税，对代开票纳税人可采取以下征收方法：
1、在代开票时按开具的货物运输业发票上注明的营业税应税收入按规定征收（代征）营业税、所得税及附加。
2、代开票纳税人采取按月还是按季结算，由省级地方税务局确定。
3、代开票纳税人在缴纳定额税款时，如其在代开票时取得的税收完税凭证上注明的税款大于定额税款的，不再缴纳定额税款；如完税凭证上注明的税款小于定额的，则补缴完税凭证上注明的税款与定额税款差额部分。
六、关于企业所得税征收问题
对2002年以后新办的货物运输业代开票纳税人的所得税，由代开票单位在代开货物运输业发票时统一代征税款，并由地方税务局统一入库。
七、关于代开票纳税人从事联营业务的计税依据问题
代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。
八、关于物流劳务的征税问题
（一）利用自备车辆提供运输劳务的同时提供其他劳务（如对运输货物进行挑选、整理、包装、仓储、装卸搬运等劳务）的单位（以下简称物流劳务单位），凡符合规定的自开票纳税人条件的，可以认定为自开票纳税人。
（二）自开票的物流劳务单位开展物流业务应按其收入性质分别核算，提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票；提供其他劳务取得的收入按“服务业”税目征收营业税并开具服务业发票。
凡未按规定分别核算其应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。
（三）代开票单位在为代开票物流劳务单位代开发票时也应按照以上原则征税（代征）并代开发票。
九、关于税务机关纳税申报审核问题
