（1）到公海作业的；
（2）到我国与有关国家缔结的协定确定的共同管理渔区、南沙海域、黄岩岛海域作业的；
（3）海洋大型拖网、围网渔船；
（4）跨海区界线作业的；
（5）到特定渔业资源渔场、水产种质资源保护区作业的；
（6）因养殖或者其他特殊需要，捕捞农业部颁布的有重要经济价值的苗种或者禁捕的怀卵亲体的；
（7）因教学、科研等特殊需要，在农业部颁布的禁渔区、禁渔期从事捕捞作业的。
农业部应当自收到省级人民政府渔业行政主管部门报送的材料之日起15日内作出是否发放捕捞许可证的决定。
中央直属单位申请第一款规定的渔业捕捞许可证的，直接向农业部提出。农业部应当自申请受理之日起20日内作出是否发放捕捞许可证的决定。”
8．删除第二十一条。
9、第二十二条第一款修改为：“……出具证明，报作业水域所在地审批机关批准。”
10、第二十三条修改为：“除本规定第十九条和第二十条规定的情况外，其他作业的渔业捕捞许可证由县级以上地方人民政府渔业行政主管部门审批发放，具体办法由省、自治区、直辖市人民政府规定，报农业部备案。
11、删除第二十六条。
12、第二十七条修改为：“申请渔业捕捞许可证，应当提供下列资料：
（1）渔业捕捞许可证申请书；
（2）企业法人营业执照或个人户籍证明复印件；
（3）渔业船舶检验证书原件和复印件；
（4）渔业船舶登记（国籍）证书原件和复印件；
（5）渔具和捕捞方法符合国家规定标准的说明资料；
申请海洋渔业捕捞许可证，除提供第一款规定的资料外，还需提供：
（1）首次申请和除作业方式变更外重新申请的，提供渔业船网工具指标批准书原件；
（2）重新申请和换发捕捞许可证的，提供原渔业捕捞许可证原件和复印件；
（3）海洋大型、中型渔船再次申请渔业捕捞许可证的，提供渔捞日志。
申请公海渔业捕捞许可证，除提供第一款规定的资料外，还需提供：
（1）农业部远洋渔业项目批准文件；
（2）除专业远洋渔船外，提供海洋渔业捕捞许可证；
（3）首次申请的，提供渔业船网工具指标批准书。
申请专项（特许）渔业捕捞许可证，除提供第一款规定的资料外，还需提供：
（1）海洋渔业捕捞许可证或内陆渔业捕捞许可证原件和复印件；
（2）承担教学、科研等项目单位申请的，提供项目计划、调查区域及上船科研人员名单；
（3）租用渔船进行科研、资源调查活动的，提供租用使用协议。
跨省或跨海区作业，依照规定应当申请临时捕捞许可证的，除提供第一款规定的资料外，还需提供申请人所在地县级以上渔业行政主管部门出具的证明原件及复印件。”
13、相应修改附表《渔业船网工具指标申请书》、《渔业捕捞许可证申请书》，取消县级、市级、海区局审核意见栏。
二十八、中日渔业协定暂定措施水域管理暂行办法（1999年3月5日农业部发布）
1、删除第三条第三款。
2、第六条修改为：“申请进入中日渔业协定暂定措施水域作业的渔业捕捞许可证，应当于每年4月10日前向所在地省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门提出。省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门应当自受理申请之日起20个工作日内完成审核，并报农业部审批。
农业部自收到省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门报送的材料之日起20日内作出是否发放捕捞许可证的决定。申请表由农业部统一印制。”
3、附件一申请表格式中的主体资格根据上条作相应修改。
二十九、中韩渔业协定暂定措施水域和过渡水域管理办法（2001年2月16日农业部发布）
1、第三条第三款修改为：“沿渤海、黄海、东海各省（直辖市）、地（市）、县级渔业行政主管部门负责对在暂定措施水域和过渡水域作业的本辖区渔船进行必要的指导和管理。”
2、第五条修改为：“申请进入中韩渔业协定暂定措施水域和过渡水域作业的渔业捕捞许可证，应当于每年4月10日前向所在地省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门提出。省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门应当自受理申请之日起20日内完成审核，并报农业部审批。
农业部自收到省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门报送的材料之日起20日内作出是否发放捕捞许可证的决定。”
3、附件一申请表格式中的主体资格根据上条作相应修改。
三十、远洋渔业管理规定（2003年4月18日农业部发布）
第六条增加一款，作为第二款：“省级人民政府渔业行政主管部门应当在10日内完成审核。”
三十一、中华人民共和国管辖海域外国人、外国船舶渔业活动管理暂行规定（1999年6月24日农业部发布）
增加一条，作为第六条：“外国渔业船舶申请在中华人民共和国管辖水域从事渔业生产的，应当向中华人民共和国渔政渔港监督管理局提出。中华人民共和国渔政渔港监督管理局应当自申请受理之日起20日内作出是否发放捕捞许可证的决定。
外国人、外国渔业船舶申请在中华人民共和国管辖水域从事渔业资源调查活动的，应当向农业部提出。农业部应当自申请受理之日起20日内作出是否批准其从事渔业活动的决定。”
