9．第十条后增加一条，“经评审合格的农药登记申请，农业部应当在评审结束后10日内决定是否颁发农药临时登记证或农药正式登记证。”
10．删除第十九条中“申请农药登记须交纳登记费”的规定。
11．第三十四条第二款修改为：“通过重点媒介发布的农药广告和境外及港、澳、台地区农药产品的广告，由农业部负责审查。其他广告，由广告主所在地省级农业行政主管部门负责审查。广告审查具体工作由农业部农药检定所和省级农业行政主管部门所属的农药检定机构承担。”
四、全国食用菌菌种暂行管理办法（1996年5月28日农业部发布）
第十二条后增加一条，“县级以上地方人民政府农业行政主管部门应当自受理菌种生产、经销许可申请之日起20日内，作出是否核发《菌种生产许可证》或《菌种经销许可证》的决定。”
五、肥料登记管理办法（2000年6月23日农业部令第32号）
1．第十条第一款修改为：“农业部负责办理肥料登记受理手续，并审查登记申请资料是否齐全。”
第二款修改为：“境内生产者申请肥料临时登记，其申请登记资料应经其所在地省级农业行政主管部门初审后，向农业部提出申请。”
2．第十七条第一款修改为：“农业部根据肥料登记评审委员会的综合评审意见，在评审结束后20日内作出是否颁发肥料临时登记证或正式登记证的决定。”
六、农作物种质资源管理办法（2003年7月8日农业部令第30号）
1．第二十九条第一款第一项修改为：“……提交对外提供种质资源说明，向农业部提出申请。”
2．删除第二十九条第一款第二项。
3．第二十九条第一款第三项修改为：“农业部应当自收到申请材料之日起20内作出审批决定。……”
七、农业转基因生物安全评价管理办法（2002年1月5日农业部令第8号）
1．第十六条修改为：“农业部每年组织两次农业转基因生物安全评审。第一次受理申请的截止日期为每年3月31日，第二次受理申请的截止日期为每年的9月30日。申请被受理的，应当交由国家农业转基因生物安全委员会进行安全评价。农业部自收到安全评价结果后20日内作出批复。”
2．删除第二十六条中申请农业转基因生物安全评价“交纳审查费”的规定。
八、农业转基因生物进口安全管理办法（2002年1月5日农业部令第9号）
1．第三条修改为：“农业部负责农业转基因生物进口的安全管理工作。国家农业转基因生物安全委员会负责农业转基因生物进口的安全评价工作。”
2．第六条修改为：“从中华人民共和国境外引进安全等级Ⅲ、Ⅳ的农业转基因生物进行实验研究的和所有安全等级的农业转基因生物进行中间试验的，引进单位应当向农业部提出申请，并提供下列材料……”
3．第七条修改为：“从中华人民共和国境外引进农业转基因生物进行环境释放和生产性试验的，引进单位应当向农业部提出申请，并提供下列材料……”
4．第九条修改为：“境外公司向中华人民共和国出口转基因植物种子、种畜禽、水产苗种和利用农业转基因生物生产的或者含有农业转基因生物成份的植物种子、种畜禽、水产苗种、农药、兽药、肥料和饲料添加剂等拟用于生产应用的，应当向农业部提出申请，并提供下列材料……”
5．第十二条修改为：“境外公司向中华人民共和国出口农业转基因生物用作加工原料的，应当向农业部申请领取农业转基因生物安全证书。”
6．第十六条后增加一条，“向中国出口农业转基因生物直接用作消费品的，依照向中国出口农业转基因生物用作加工原料的审批程序办理。”
九、农业转基因生物标识管理办法（2002年1月5日农业部令第10号）
第十二条修改为：“负责农业转基因生物标识审查认可工作的农业行政主管部门，应当自申请受理之日起20日内作出决定，并通知申请人。”
十、农业野生植物保护办法（2002年9月6日农业部令第21号）
1．第十五条第一款第一项修改为：“申请采集国家一级保护野生植物的，应当经由采集地省级农业行政主管部门签署审核意见后，报农业部办理采集许可证。”
2．第十五条后增加一条，“申请采集国家一级重点保护野生植物的，还应当提供以下材料：
（一）进行科学考察、资源调查，需要从野外获取野生植物标本的，或者进行野生植物人工培育、驯化，需要从野外获取种源的，应当提供省级以上行政主管部门批复的项目审批文件、项目任务书（合同书）及执行方案（均为复印件）。
（二）承担省部级以上科研项目，需要从野外获取标本或实验材料的，应当提供项目审批文件、项目任务书（合同书）及执行方案（均为复印件）。
（三）因国事活动需要，需要提供并从野外获取野生植物活体的，应当出具国务院外事行政主管部门的证明文件（复印件）。
