（二）改变成本计算方法、间接成本分配方法、存货计价方法的管理
《
企业所得税税前扣除办法》（国税发〔2000〕84号）规定，纳税人的成本计算方法、间接成本分配方法、存货计价方法一经确定，不得随意改变，如确需改变的，应在下一纳税年度开始前报主管税务机关批准。否则，对应纳税所得额造成影响的，税务机关有权调整。
取消该审批项目后，纳税人改变了成本计算方法、间接成本分配方法、存货计价方法的，主管税务机关应着重从以下几个方面加强管理工作：
1.主管税务机关应重点审查纳税人改变计算方法的原因、程序，改变计算方法前后衔接是否合理，有无计算错误等有关事项。
2.要求纳税人在年度纳税申报时附报改变计算方法的情况，说明改变计算方法的原因，并附股东大会或董事会、经理（厂长）会议等类似机构批准的文件。
3.纳税人年度纳税申报时，未说明上述三种计算方法变更的原因、不能提供有关资料，或虽说明但变更没有合理的经营和会计核算需要，以及改变计算方法前后衔接不合理、存在计算错误的，主管税务机关应对纳税人由于改变计算方法而减少的应纳税所得额进行纳税调整，并补征税款。
（三）企业技术开发费加计扣除的管理
《财政部
国家税务总局关于促进企业技术进步有关财务税收问题的通知》（财工字〔1996〕41号）和《
国家税务总局关于促进企业技术进步有关税收问题的补充通知》（国税发〔1996〕152号）规定，盈利企业研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的各项费用，比上年实际发生额增长达到10％以上（含10％），其当年实际发生的费用除按规定据实列支外，年终经由主管税务机关审核批准后，可再按其实际发生额的50％，直接抵扣当年应纳税所得额（以下简称“加计扣除”）。
取消该审批项目后，技术开发费的加计扣除改由纳税人根据上述政策规定自主申报扣除。主管税务机关应着重以下方面加强管理：
1.纳税人享受技术开发费加计扣除的政策，必须帐证健全，并能从不同会计科目中准确归集技术开发费用实际发生额。
2.纳税人在年度纳税申报时应报送以下材料：技术项目开发计划（立项书）和技术开发费预算；技术研发专门机构的编制情况和专业人员名单；上年及当年技术开发费实际发生项目和发生额的有效凭据。
