（二）抓好“三防”工作
各级渔业行政主管部门要把“三防”作为休渔的重点抓紧抓好。要成立防火、防风、防盗机构，责任落实到人，健全突发事件快速反应机制，制定有效的事故防范和应急措施，确保休渔期间渔民的生命财产安全。各港口要建立应急消防队伍，配备足够的防火设备和消防船，适时开展渔船安全检查，坚决消除各种安全隐患。
（三）把好港口关
应休渔船原则上回原船籍港休渔（港澳流动渔船可根据实际情况选择港澳港口或入户港口休渔），受港口条件限制或出于其他特殊原因确需异地休渔的应休渔船，要在休渔开始前报告船籍港所在地的渔业执法机构，经拟停泊港渔业执法机构同意后，方可异地停泊休渔。所有休渔渔船应按规定封存网具，并将渔业捕捞许可证交所在地渔业执法机构集中管理。
应休渔船因船舶维修或其它特殊原因需要转移港口或锚地的，要事先向港口或锚地的渔业执法机构申请，经批准并办理进出港手续后，方可移动。港澳流动渔船需要移动的，应事先向广东省港澳流动渔民工作办公室申请办理《粤港澳流动渔民休渔离港专用通行证》并随船携带，到达目的港后，需向当地渔业执法机构报告。所有经批准转（离）港的渔船，必须在规定时间内航行，其网具一律要封存。
因自然灾害需转移港口或锚地时，渔船应服从当地人民政府和有关部门的指挥；灾害过后，应尽快返回原停泊港或锚泊地。
（四）保护渔港水域环境
休渔期间渔船大量集中停港，易出现环境污染和港内积淤等问题，各地在教育渔民不得向港内水域倾倒、排放污染物质的同时，要加强港口水域的环境监测，防止污染。
四、加强南沙生产渔船管理
对持有《南沙专项捕捞许可证》的应休渔船，各地各级渔业行政主管部门要加强管理，要求其遵守以下规定：一是不得在休渔海域生产；二是经过休渔海域时，应将网具捆扎封存，以示无害通过；三是内地渔船仅限在三亚、谭门、白马井、北海、钦州、防城、龙头沙、博贺、广州、汕尾、沙堤、东平、沙扒等十三个渔港补给和销售渔获物，港澳流动渔船可在港澳或内地入籍港进行补给或销售渔获物。
五、加强资源调查监测船的管理
应休渔船因资源监测、科研调查等原因需要进入休渔海域从事作业的，由省级渔业行政主管部门按规定逐级上报农业部批准，经海区局核发《专项（特许）渔业捕捞许可证》（以下简称《特许证》）后方可进行。
