围绕预防艾滋病病毒传播这一基本目标，结合本地实际，抓住防治重点，率先落实国家制定的防治政策，探索防治模式，达到保护群众健康，维护社会稳定的目的。
（一）组织领导
卫生部负责示范区工作的总体领导和协调，公安、司法、财政、宣传、广电、计划生育、民政、教育、农业等部委及全国妇联、共青团等社会团体配合支持。卫生部成立全国艾滋病综合防治示范区管理办公室，设在中国疾病预防控制中心，负责示范区管理、协调、培训、指导、检查、经验交流等具体工作，每年组织1－2次督导考核。
按照《卫生部办公厅关于加强艾滋病综合防治示范区有关管理工作的通知》（卫办疾控发〔2004〕9号）的要求，各省（自治区、直辖市）卫生行政部门成立示范区管理办公室，负责具体工作，如技术指导、组织协调、总结汇报、提款报账和督导检查等。示范区所在的地（市）卫生行政部门设立协调员，负责协调本级有关部门支持示范区防治工作，并指导示范区工作的开展。
示范区的管理以县为单位，县级政府应在卫生行政部门设立示范区工作办公室，在当地政府的领导下，负责组织、协调公安、司法、财政、宣传、广电、计划生育、民政、教育、农业等部委及全国妇联、共青团等社会团体，以及疾病预防控制、医疗保健等技术机构，根据当地情况，制定符合当地实际的工作方案，明确各部门的职责和任务，组织落实示范区各项具体防治工作。
（二）基线调查
全国示范区管理办公室制订统一的示范区基线调查方案，第二批各示范区参照该方案，结合本地实际制定具体方案进行调查，通过收集和分析示范区有关资料，确定重点目标人群和主要流行危险因素、预测工作中的障碍，找出解决办法，发现和利用现有的资源，制定本示范区综合防治工作实施方案。
（三）能力建设
1、每个示范区建立1个初筛实验室，对示范区内HIV感染进行初筛检测；初筛实验室配备掌握相应技能的专职人员。
2、建立一支有较强能力的防治队伍。通过逐级培训等方式，提高管理、监测、咨询检测、治疗和关怀、母婴阻断、行为干预和健康教育等的技能。
（四）医疗救治
1、按照卫生部、
国家中医药管理局《关于艾滋病抗病毒治疗管理工作的意见》（卫医发〔2004〕106号）及卫生部、财政部《艾滋病及常见机会性感染免、减费治疗管理办法》（卫疾控发〔2004〕107号）要求进行治疗管理，指定定点的医疗机构，建立病人档案管理制度，制定疑难病情及时汇报制度，定期会诊、巡诊、病人逐级转诊制度。
