2.国税局检查内容
检查利用虚假发票抵扣增值税进项税款或虚列成本的税收违法行为，重点是地税部门确认的虚开、代开的运输发票抵扣增值税进项税款或虚列成本的税收违法行为。对增值税一般纳税人取得的运输发票，检查其是否存在擅自扩大运费进项税抵扣范围的问题；要查实受票企业取得的虚开、代开运输发票是否已申报抵扣相应税款；对其购销是否真实、运输费用是否真实、取得虚开、代开发票的主观故意性等问题进行调查取证。对购销业务不真实、以取得的虚开、代开运输发票申报抵扣相应税款的，依法查处。
3.国税局、地税局通过发票协查，检查运输企业是否存在未按规定开具发票行为（如开具阴阳票、使用假发票等）。如有，应及时相互传递信息进行查处。
开展运输发票协查工作的具体要求见《全国交通运输货运发票协查工作实施方案》（附件2）。
（四）工作要求
1.加强领导，落实责任
开展货物运输业专项检查是国家税务总局根据当前税收工作实际，为整顿和规范税收秩序、加强征管、堵塞漏洞而采取的重大举措。各级税务机关要充分认识这次专项检查工作的重要性和紧迫性，切实加强组织领导，落实责任，彻底查清本地区的问题，坚决打击利用运输发票犯罪的单位和个人。
2.明确职责，通力协作
这次专项检查工作是机构分设以来国税局、地税局之间的第一次全面的大规模协同检查。各级国税局、地税局要各司其职，加强联系，形成合力，以充分的信息沟通保证专项检查成效。
（1）在专项检查中，对开票企业和受票企业的检查、处理分别由国税局、地税局的稽查部门为主组织实施；对涉及税务机关内部相关人员的责任调查和追究，分别由国税局、地税局的法规、监察部门组织实施；税政、征管部门也要积极配合，并针对检查中发现的问题制订加强管理的措施。
（2）地税局负责开票企业的检查，确认开票企业的性质，检查发票开具情况，依法追缴应收税款，调查追究相关责任人员责任，并将与国税局征管有关信息反馈同级国税局。
（3）国税局负责对受票企业进行检查、协查，针对地税局确认的虚开、代开发票情况，查清事实，追缴已申报抵扣税款，向地税局反馈调查处理情况，调查追究国税局相关责任人员责任。
（4）国税局、地税局应树立大局观念，及时回复协查函件及取得相关证据，以保证专项检查工作顺利进行。对不按照总局要求互通情况，造成税款重大流失的，总局要追究相关人员的责任。
3.挽回损失，堵塞漏洞
地税局初步认定为虚开发票的，应将相关资料转交国税局协查。经国税局认定是真实业务的，由地税局向车主追缴营业税；经国税局认定是虚假业务的，由国税局向受票企业追缴多申报抵扣的增值税，并按现在国税局、地税局征管分工，分别向受票企业追缴企业所得税。凡涉及税种交叉管理的，国税局、地税局应分别派出检查组，同时进驻检查，共同调查取证，分别处理、分别立卷。
4.划清责任，严肃纪律
各级税务机关要在开展专项检查的同时，对涉案的税务人员的违法行为严肃查处。纪检监察部门要统一部署，与法制、税政、征管、稽查、信息中心等部门密切配合，组织力量对税务人员违法违纪行为进行查处。在对违法违纪人员给予政纪处分的同时，按照有关规定给予相应的党纪处分；构成犯罪的，移交司法机关处理。
（五）时间安排
1.此项专项检查从2004年2月1日开始至2004年10月31日结束，具体分为三个阶段：
第一阶段：2004年2月1日至2004年4月30日，地税局先期开展专项检查，启动协查工作；国税局按照本方案“检查对象”的要求，对纳税人取得的运输发票进行检查，重点检查利用虚假发票抵扣增值税进项税款或虚列成本的税收违法行为，并按《全国交通运输货运发票协查工作实施方案》进行协查。
第二阶段：2004年5月1日至9月30日，国税局在地税局检查的成果上，与地税局一起开展检查、协查工作。
第三阶段：2004年10月底前，总结上报检查情况。
2.2004年10月底前，各地以省税务机关名义向总局报送本次专项检查的总结报告。各地要充分利用检查成果，针对本地区存在的问题，制订措施，堵塞漏洞，举一反三，强化税务机关对货物运输业的征收管理。
二、实行“一窗式”管理之前增值税缴纳情况专项检查
（一）检查对象
辖区内使用防伪税控开票系统的增值税一般纳税人。
（二）检查时间范围
2003年3月征期（即4月1日至10日）到“一窗式”比对工作开始。
（三）检查内容
1.进项税额的检查
（1）执行国税发〔1999〕29号申报办法的，检查《增值税纳税申报表附列资料》“增值税专用发票抵扣联”栏数据是否大于或等于当月防伪税控认证系统采集的专用发票抵扣联认证数据。如大于，扣除手工版专用发票数据后，再检查是否等于当月防伪税控认证系统采集的专用发票抵扣联认证数据。
（2）执行国税发〔2003〕53号申报办法的，检查《增值税纳税申报表附列资料（表二）》“本期认证相符且本期申报抵扣”栏数据是否小于或等于当月防伪税控认证系统采集的专用发票抵扣联认证数据。
以上数据检查不符的，纳税人可能存在多抵扣进项税额的问题。
2.销项税额的检查
（1）执行国税发〔1999〕29号申报办法并且使用防伪税控开票系统开具专用发票的，检查《增值税纳税申报表附列资料》“开具增值税专用发票”栏数据是否等于防伪税控报税系统采集的专用发票数据。
