--“工程”专项资金的使用，要严格按照“工程”专项资金管理办法进行。土建项目应按照基本建设程序进行管理，实行工程预决算制度，严格控制工程建设成本，提高投资效益。非土建项目应按照相应的办法，由省级“工程”项目管理机构组织统一采购。
--各级政府要加大对“工程”专项资金使用的监督检查力度，每年都要将“工程”资金的使用和管理列入重点审计内容；“工程”完工后，要组织专项审计，每个“工程”项目在验收前都要提交专项审计报告。
--建立“工程”专项资金管理责任追究制度。“工程”资金要专款专用，不能顶替原有投入，更不得用于偿还过去拖欠的工程款和其他债务。对挤占、挪用、截留“工程”专项资金或减少本地政府投入、变相挪用“工程”资金，以及疏于管理造成国有资产流失的，要按照有关规定，追究相关负责人的责任，同时视情节轻重，缓拨、减拨、停拨直至追回”工程”资金。
26.教育部、国家发展改革委、财政部与项目省（自治区、直辖市）人民政府签订《国家西部地区农村寄宿制学校建设工程项目责任书》，并在“工程”实施过程中和结束时，对照责任书要求对各省（自治区、直辖市）“工程”实施情况进行检查、验收，奖优罚劣。项目省（自治区、直辖市）、市、县要加强项目管理，自上而下层层签定责任书，任务到校，责任到人。
27.国家、省（自治区、直辖市）、市、县对”工程”实施建立层层监督机制，一级抓一级，一直落实到“工程”的每个具体项目。
国家西部地区“两基”攻坚领导小组办公室将根据国务院要求和工作进展情况，对各地“工程”实施进行专项检查，一经发现在“工程”实施中有弄虚作假、套取中央专项资金的行为以及其他违规违纪行为，将严厉惩处。
项目省（自治区、直辖市）每年都要对“工程”实施组织工作检查，并按照“相对固定、分片包干”的办法，从2004年至2007年，对每个攻坚县指定一定数量的工作人员或专家，自始至终对该县的“工程”工作进行指导和监督。要充分利用财政部驻各地财政专员监察办事处和发展改革（计划）部门“项目稽察办”的力量，加大省（自治区、直辖市）一级的监督检查力度。
各攻坚县要确定专人负责监督检查工作，在将“工程”项目管理责任落实到人的同时，将监督责任也落实到人。
28.各地要定期或不定期地向社会公布“工程”工作进展情况，通过在报刊上公开刊登、在当地乡（镇）务公开和村务公开的公示栏中公布“工程”项目学校名单以及设立举报电话等方式，接受人民群众和新闻媒体对“工程”建设的监督。
