建立岸边生态保护带，控制该区域内的任何生态破坏事件。上游区以封山育林育草为主，并在水土流失较重的区域建立岸边生态保护带，严格控制该区域内破坏生态环境的活动。通过建立自然保护区、生态示范区、生态功能保护区和重点资源开发监管区，采用适当的工程措施（重点在金沙江和嘉陵江流域），使三峡库区及其上游水土流失重点区域得到强制性保护。
2003年底前，组织制定库区12条污染严重次级河流的综合整治计划，重点整治桃花溪、清水溪、梁滩溪、香溪河、黄柏河、苎溪河等6条河流及开县消落带。
六、结合农业产业结构调整，加快生态农业建设
大力发展生态农业、有机农业，建立一批放心农产品生产示范基地，积极发展有机食品和绿色食品。推广使用高效、低毒和低残留农药。防止不合理使用化肥、农药、农膜和超标污灌带来的污染。加大乡镇企业污染、农业面源污染、禽畜养殖和水产养殖污染防治力度，所有规模化禽畜养殖场分期分批实现达标排放。
库区和影响区内应尽快启动全面禁止生产和使用含磷洗涤剂计划，各级环保部门要加大检查力度，确保措施落实到位。
七、全面治理船舶流动源污染
在库区干、支流航行、停泊的各类船舶，全面禁止污水未经处理直排江河和向水体倾倒垃圾。要根据《规划》要求，加快实施船舶废弃物接收工程、船舶生活污水集中治理工程和化学危险品船舶洗舱基地工程。各级环保部门要配合交通部门加大对船舶码头污染防治的监管工作。
八、实施水污染物总量控制和排污许可证制度
各省（市）环保部门要根据《规划》确定的总体目标，核定所辖各区县（市）水污染物排放总量和各断面水质目标。对重点工业污染源、城镇污水处理厂和集约化畜禽养殖场要明确水污染物排放总量控制指标和削减指标，2004年底前完成排污许可证发放工作；将生活污水污染物的削减控制指标具体落实到城镇污水处理厂。
九、建立三峡库区和省界断面水质水量监测报告制度，进一步加大执法力度
各级环保部门要加强对污染治理设施的监管，惩治污染反弹，提高工业污染源稳定达标率。对已建污水处理厂、垃圾处理场运营状况要监管到位，确保稳定运行、发挥效益。
加强对三峡库区污染源和库区、跨界水质的监测频率，自2003年7月起，每月向总局报告水污染防治工作进展和水质情况。
