联席会议在卫生部设立办公室，负责日常工作。
三、工作规则和工作要求
(一)联席会议原则上每半年召开一次例会。根据需要或按照领导同志指示，可以临时召集会议。
联席会议的议题主要包括：传达、贯彻党中央、国务院领导同志关于新型农村合作医疗制度的指示精神；根据新型农村合作医疗制度试点及推广工作中出现的新情况、新问题，协调有关部门及时研究制定有关政策；督促、检查、指导并通报各地区新型农村合作医疗制度建立完善工作的进展情况；就有关重大问题进行协调并提出解决办法。
(二)联席会议例会的主要内容要形成纪要，经与会单位同意后印发联席会议各成员单位贯彻落实。会议决定的事项，按照部门职能，分工负责，具体落实。
(三)各成员单位要积极参加联席会议，相互配合，相互支持，形成合力，充分发挥联席会议的作用。
四、联席会议成员单位职责
卫生部为新型农村合作医疗的主管部门，负责新型农村合作医疗试点工作方案的制定，对试点及推广工作进行宏观指导和协调，负责联席会议制度的日常工作。
财政部负责安排中央财政对中西部地区参加新型农村合作医疗农民的补助资金。研究制定相关政策，加强资金管理和监督。
农业部负责配合做好新型农村合作医疗的宣传推广工作，反映情况，协助对筹资的管理，监督资金的使用。
民政部负责农村医疗救助制度有关工作，支持新型农村合作医疗制度的建立和完善。
发展改革委负责新型农村合作医疗纳入国民经济和社会发展规划有关工作，促进新型农村合作医疗与经济社会的协调发展。推动加强农村卫生基础设施建设，完善农村医药价格监管政策。
教育部负责农村卫生机构的人才培养与相应改革有关工作。
人事部负责农村卫生人才情况调研及农村卫生人才政策的制定，推进农村卫生机构人事制度改革有关工作。
人口计生委负责配合做好新型农村合作医疗的宣传动员工作。
食品药品监管局负责新型农村合作医疗药品的流通供应，加强农村药品监管。
中医药局负责在新型农村合作医疗中发挥中医药的特色与优势，培养农村卫生机构的中医药技术人员。
扶贫办负责扶贫开发与新型农村合作医疗的协调，支持贫困地区农民积极参加新型农村合作医疗。
国务院新型农村合作医疗部际联席会议成员名单
