在改革初期，十三个主产省、自治区粮食风险基金由于占用在“老库存粮食”费用利息补贴等方面，暂时腾不出来，经省级人民政府申请，由中央财政根据其粮食风险基金缺口情况给予借款支持，所借资金在三年后逐步归还。借款的条件：一是放开收购市场，推进粮食流通体制市场化改革；二是制定有效措施把中央确定的直补金额，实实在在地落实到农民手上；三是国有粮食企业实行减员分流、转换机制改革，使企业真正走向市场，自负盈亏。借款后粮食风险基金仍有缺口的，由省级人民政府报经国务院批准后，向中国农业发展银行借款，以确保对种粮农民直接补贴资金的落实。
其他省、自治区、直辖市实行对种粮农民直接补贴后，粮食风险基金不足的，由省级人民政府自筹资金解决。
（八）需中央财政借款支持的粮食主产省、自治区，必须在每年的二月之前提出申请，中央财政在审核后，在三月底之前将借款资金拨付到省财政专户。
（九）省级财政部门要将对种粮农民直接补贴与粮食风险基金的其他开支分开，单独测算需求，单独拨付资金。
三、对种粮农民直接补贴资金的兑付与监管
（十）对种粮农民直接补贴资金的兑现方式，可以与农民缴纳农业税同步进行，分开操作，缴归缴补归补；也可采取直接抵扣应缴农业税的办法；农业税全免的省，可以单独直接对农民补贴。具体兑现方式，由省级人民政府根据本省实际，结合农民意愿自行确定。
（十一）粮食直接补贴资金兑付工作由乡镇财政所承担，年初向农民发放《粮食补贴通知书》，农民凭通知书到乡镇财政所领取补贴或抵扣农业税，不允许集体代领。
（十二）对种粮农民直接补贴资金的兑付，要做到公开、公平、公正。每个农户的补贴面积、享受补贴的粮食数量、补贴标准、补贴金额都要张榜公布，接受群众的监督。
（十三）地方各级财政部门要加强对粮食直接补贴资金的监管，当年直补资金尽可能在春播之前兑付一部分，全部补贴资金要在上半年基本兑现到农户，坚决杜绝截留、挤占、挪用补贴资金现象的发生。
（十四）财政部驻各地财政监察专员办事处要负责对粮食直接补贴资金的监督检查，组织专门人员，不定期地对粮食直补资金的兑付情况进行抽查，发现问题及时上报。
四、调整粮食风险基金使用范围
（十五）实行对农民直接补贴及粮食流通体制市场化改革后，粮食风险基金的使用范围调整为：
