直接支付申请经财政部批准后，由代理银行直接将款项支付到用款单位或收款人，基层预算单位应根据银行办理支付后出具的通知单或凭证，按照《财政国库管理制度改革试点会计核算办法》及其《补充规定》的要求进行会计核算，登记有关支出账簿。司法部计财装备司根据财政部签发的支付指令或银行付款后的通知单或凭证，登记有关辅助账簿，并逐级将收到和付出款项的凭证提供给基层预算单位。
（三）财政授权支付程序
财政授权支付是预算单位根据财政授权，自行开具支付令，通过本单位零余额账户将资金支付到收款人账户。
1．额度使用
预算单位应在财政部核定的授权支付额度内，通过零余额账户办理转账及现金支付业务，零余额账户的月度财政授权支付额度在年度内可以结转使用。
2．支付及记账
（1）预算单位需要办理财政授权支付时，需向代理银行开具授权支付令，将财政资金支付给收款人或提取现金。
（2）预算单位应根据代理银行办理授权支付后出具的支付通知单，逐笔登记额度支出和其他会计核算账簿；司法部计财装备司根据银行出具的授权支付支出的旬、月报表（包括授权支付额度和实际支付数），登记收到和转拨授权支付额度指标的辅助登记簿，并与财政部和各预算单位进行核对。
（3）每月初，预算单位应将上月零余额账户的支出情况上报司法部计财装备司，由司法部计财装备司报送财政部国库支付机构。
七、改革的配套措施
实行财政国库集中支付，是一项政策性强、涉及面广的系统工程，涉及到财政性资金拨付程序、支付方式、账户设置等的变化，需要我们改变传统的思维方法、工作习惯和管理方式。各单位要在财政部、司法部的统一领导和部署下，相互密切配合，协调一致，积极支持改革，共同搞好国库集中支付工作。
（一）进一步加强部门预算的编制和管理工作，一是建立科学的预算定额和支出标准，确保预算编制的质量；二是上级预算单位要在规定的时间内按规范的格式及时分解批复下达预算，不得预留各项经费；三是尽量细化预算，减少打捆项目。逐步使所有财政性资金的支付都建立在明晰的预算基础上，为顺利实行财政国库集中支付创造条件。
（二）建立司法行政资金管理信息系统，提高会计电算化和信息网络化程度。继续推进基层预算单位会计电算化进程，加大财会人员培训力度，今明两年内要创造条件，加快财务部门的网络建设，早日实现联网，使财政国库管理信息系统能在部财务系统投入应用，及时、准确地报送、反馈有关财政资金使用和管理信息。
（三）司法部计财装备司为我部国库集中支付的管理和执行机构，负责办理财政直接支付和授权支付的具体业务，并进行相关的信息反馈、工作指导和监督检查等工作，各单位应根据单位业务量的大小，指定专门的办事机构或配备专职工作人员。
