一是底数不清成为解决环境与健康问题的瓶颈。我国自20世纪90年代以来，未再开展全国性或区域大规模环境与健康调查工作，基础性、连续性的调查和监测也未能纳入常规工作。由于基础调查不足和基础数据缺乏，对我国环境污染导致人群健康损害的地区分布、健康损害程度和趋势演变等情况底数不清，不但给识别主要环境危险因子、提出有效应对措施带来困难，而且也难以开展环境污染健康风险评价，及时调整相关政策并提出针对性治理措施。
二是对环境与健康缺乏有效管理手段与方法。首先，现有环境法律法规中有关环境与健康工作的内容过于原则化，缺乏真正符合环境与健康工作需要的法律制度和标准体系，相关的基准研究基本上是空白。其次，环境与健康的管理手段不足，现行的许多环境管理制度及管理目标大多缺乏与健康问题的衔接，一些与环境与健康问题密切相关的重要环境管理制度尚未建立起来。
三是环境与健康工作基础能力亟待加强。从机构设置看，目前只在国家层面设立了专门机构，配置了有限人员，地方层面既无专门机构也无专门人员，严重影响了环境与健康工作的开展。从人才方面看，目前环境与健康领域缺乏优秀的领军人才和强大的支撑队伍。从科研方面看，长期的系统化基础研究不足，缺少规范的环境与健康调查技术方法，一些重要的领域如坏境污染导致人体健康损害的致病机理、暴露途径、暴露生物标识物的确定，有害污染物的健康危害评价指标和分析测试技术，以及环境与健康风险评价等方面研究明显不足，研究成果对管理决策的支持不够，不能为有效应对环境健康事件、开展环境与健康风险管理提供技术支撑。从提供公共服务方面看，目前环境与健康的资源共享和信息公开尚未实现、现行的法律法规在维护群众健康权益方面可操作性不强，环境与健康宣传教育还不能满足社会需求。
（四）立足风险管理是环境与健康工作的核心任务
环境与健康问题影响因素多，从环境与健康发展历史看，类似于日本水俣病这样具有清晰因果关系的案例在现实中是少之又少，多数情形是环境污染与健康的关系并不清楚。鉴于环境污染对健康影响具有暴露水平低、潜伏期长、影响因素多、因果关系确定难等特点，环保部门应以加强环境与健康风险管理为工作重点，以努力将污染物健康风险控制在可接受水平为目标。
《
中华人民共和国国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》明确提出，要加大环境保护力度，以解决饮用水不安全和空气、土壤污染等损害群众健康的突出环境问题为重点，防范环境风险，提高环境与健康风险评估能力。美国、日本等发达国家实践证明，把健康风险评价贯彻到环境监测预警、环境监督管理、环境影响评价、污染防治和环境宣传教育工作中是环保部门实现风险管理的最佳切入点，切实贯彻多部门协作、预防为主、综合防治的方针政策，环境与健康问题就会得到有效预防和控制。
