第十三条 地方财政、水利等部门应加强项目前期工作，积极筹措地方配套资金，确保地方配套资金及时、足额到位。
第十四条 重点小型病险水库除险加固工程应在中央财政专项补助资金下达之日起一年内完工，并在规定的期限内进行竣工验收。
第十五条 专项资金由地方包干使用。具体项目结余资金由地方财政部门会同水利部门在规划确定的项目间调剂使用。
第十六条 有关单位应严格按规定使用专项资金，任何单位和个人不得以任何理由、任何形式截留挪用，也不得用于平衡本级预算。
第十七条 地方财政部门要加强对专项资金的管理，确保专款专用，并将专项资金纳入地方同级财政预算管理。
第十八条 地方财政、水利部门应督促项目建设单位做好项目财务管理工作，加强财政资金管理，提高财政资金使用效益。
第五章 专项资金的监督管理
第十九条 财政部会同水利部根据各地项目完成情况采取适当的奖惩措施。对于分年度完成情况较好的地区，采取适当奖励；对于分年度完成情况较差的地区，扣减下一年度专项补助资金。
第二十条 财政部会同水利部，对专项资金的安排，使用情况及项目完成情况，进行不定期或重点监督检查；财政部将授权驻相关省、自治区、直辖市财政监察专员办事处，或委托财政投资评审机构对专项资金使用情况进行核查。
第二十一条 对于违反规定，截留挪用、虚报项目骗取中央专项资金或其他违规行为，中央财政将相应扣减或取消其下一年度专项资金补助。同时，按照《
财政违法行为处罚处分条例》（国务院令第427号）的规定进行处理，并依法追究有关责任人的责任。
第二十二条 地方财政、水利等部门要健全监督机制，重点对资金到位及使用、工程进度、工程质量、建设管理等情况进行监督检查。
第二十三条 使用专项资金的相关省、自治区、直辖市财政部门要汇总上一年专项资金收支和结余情况，于每年9月底前随同项目完成情况报财政部备案。
