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（一）向十一届全国人大一次会议报告的2007年中央预算执行情况不够详细和完整。根据财政部的规定，财政总预算会计核算以收付实现制为主，但中央财政总预算会计的个别事项可以采用权责发生制。2007年，财政部对采用权责发生制核算的事项没有具体报告。
（二）有376.87亿元资金未纳入预算管理。一是储备物资变价款收入32.46亿元、中央广播电视大学“全国网络统考考试费”8062万元未纳入预算，而是作为预算外资金管理。二是2007年中央财政专户管理的行政事业性收费等非税收入343.6亿元未清理纳入预算。
（三）财政部批复的部分中央部门项目支出预算年初不细化。为细化项目支出预算，财政部从2001年开始要求建立财政部和中央部门两级项目库。但由于项目库不够完善，缺乏备选项目，财政部批复的32个部门2007年预算中，仍有385.41亿元项目支出预算年初未落实到具体的项目和单位，占这些部门财政拨款项目支出预算的42.8％。这部分预算需在年度执行中再细化到具体的项目和单位，有一定的随意性，而且影响预算执行进度。
（四）未及时完成对49项行政事业性收费项目的清理规范工作。2007年4月，财政部、发展改革委将有关部门49项法律和行政法规尚未作出明确规定的行政许可收费编入行政事业性收费项目目录，当年共收费40.75亿元。
（五）批准金融保险企业用工效挂钩办法核定的职工工资作为企业所得税纳税扣除额。截至2007年底，财政部、税务总局批准16家金融保险企业，用工效挂钩办法核定的职工工资作为企业所得税应纳税扣除额，致使这些企业纳税工资扣除额大大高于未实行这种办法的企业，减少了企业所得税。其中对7家企业的涉税审批事项是在去年审计提出这个问题后仍继续办理的。
（六）未及时清理中央农业综合开发财政有偿资金。1998至2007年，中央财政安排该项资金累计299.31亿元，其中2007年安排20.73亿元，年底余额89.54亿元。这部分资金属于财政周转金性质，国务院1999年就要求彻底清理此类资金，一律只收不贷。
（七）向不承担国债分销业务的社保基金理事会支付国债发行手续费。2007年，社保基金理事会向财政部购买国债293.5亿元，财政部按照国债承销主协议的有关规定向其支付国债发行手续费2842万元。国债发行手续费是财政部对国债承销单位发行国债给予的一种费用补助，社保基金理事会只是国债的最终购买者，不从事国债宣传和分销工作，不产生发行费用。
（八）未完成南水北调工程基金征缴任务。截至2007年底，应收未收南水北调工程基金3597亿元。
（九）世界银行贷款项目债务减免管理制度还不够健全、完善。由于缺乏管理办法，财政部一直采取向国务院一事一报的方式办理债务减免事项。2002年以来共为地方政府和项目单位减免统借自还的世界银行债务59.54亿元。上述做法有一定的随意性。
（十）少数投资项目审批把关不严，安排投资失当。2007年，发展改革委向已实施政策性破产、财政部已安排了破产补助资金的4个煤矿，向两个煤矿的已完工安全改造项目，向已改制为有限责任公司且无国有股权的3家公司，共安排煤矿安全改造资金5824万元；2006年向不具备申报条件的北京市一家公司安排国家服务业发展引导资金400万元。
2007年，发展改革委向以前年度已安排过国债投资的4家企业的同一个项目又下达国债投资计划1411.6万元；发展改革委两个业务司对宁夏回族自治区一所中学的改造项目分别立项安排投资，其中宿舍楼项目重复安排投资100万元。
（十一）脱离进度下达个别项目年度投资计划。中央储备粮信息系统项目初步设计方案和投资概算2007年1月才得到批复，但2005年就已下达投资计划6000万元，占投资概算的85％；国家博物馆改扩建项目2007年实际支出1.19亿元，但发展改革委在当年8月前就已下达投资计划6.2亿元，12月又下达2.96亿元，造成结余8.04亿元，是该项目当年支出的6.7倍。
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