编制及处室设置：行政编制19名，设办公室、干部处、专业人才管理处、劳动工资处。
三、规划财务司
主要职责：拟订全国卫生事业中长期发展规划和专项建设规划，推动区域卫生规划工作；统筹规划与协调全国卫生资源配置，管理大型医用装备配置；提出卫生经济、医疗服务价格、药品价格、基本医疗保险费用结算等政策建议；负责提出卫生部部门预算、中央财政转移支付资金和基建投资及其他国内外资金、资产的安排意见与管理；拟订卫生财务、会计、基建管理规章制度和标准，拟订国家卫生装备管理办法和标准；拟订药品和医疗器械采购相关规范；负责部机关和部属（管）单位规划建设及财务资产管理等；负责内部审计工作。
编制及处室设置：行政编制28名，设办公室、规划与价格处、财务与资产处、基建装备处、机关财务处、审计处。
四、政策法规司
主要职责：负责综合性卫生政策研究；拟订宏观卫生政策与卫生改革方案并组织分析、评估；负责起草重要会议文件、部领导重要讲话、政策研究报告；组织拟订卫生（含中医药、食品安全、药品、医疗器械，下同）法律法规、卫生标准工作规划和年度计划；组织协调卫生法律、行政法规、部门规章、卫生标准的拟订和呈报；负责部门规章及执法工作中有关法律问题的解释；组织法制宣传教育及卫生法制理论研究工作；负责行政复议及行政应诉，主持重大行政处罚和行政许可事项听证；负责世界贸易组织涉及卫生的有关工作；负责卫生标准委员会的归口管理；指导地方卫生政策、卫生法制、卫生标准工作。
编制及处室设置：行政编制19名，设综合处（卫生部WTO相关事务办公室）、法规处、政策研究一处、政策研究二处、行政复议处。
五、卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）
主要职责：负责指导协调全国卫生应急工作；拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；指导地方对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制和紧急医学救援；建立与完善卫生应急信息和指挥系统；发布突发公共卫生事件应急处置信息；指导和组织开展卫生应急培训和演练；拟订国家卫生应急物资储备目录、计划，并对其调用提出建议；归口管理国家突发公共卫生事件应急专家咨询委员会、专家库和卫生应急队伍；指导并组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大自然灾害、恐怖、中毒事件及核和辐射事故等突发事件组织实施紧急医学救援；组织协调国家有关重大活动的卫生应急保障工作；组织开展卫生应急科学研究和健康教育；负责《
国际卫生条例》国内实施的组织协调工作；负责协调卫生部门《生物武器公约》履约的相关工作；承担卫生部救灾防病领导小组办公室日常工作。
