第十一条 直航船舶拟进入大陆港口，船方或具备相应资质的船舶代理人应在直航船舶驶离上一港口时向抵达港的口岸查验部门提出申请，经许可后方可进港。
第十二条 直航船舶进出大陆港口，船方或具备相应资质的船舶代理人应向海事管理机构申请办理进出港查验手续。
船舶在港停泊时间不足24小时的，经海事管理机构同意，进出港查验手续可以同时办理。船舶领取出港许可证后，情况发生变化或者24小时内未能驶离港口的，应重新办理出港手续。
第十三条 海事管理机构在办理直航船舶进出港查验手续时，必须查验下列证书和资料：
（1）船舶登记证书；
（2）船舶检验证书；
（3）船员适任证书（包括其他特殊培训证书）；
（4）《船舶最低安全配员证书》；
（5）危险货物申报单（适用于装载危险货物的船舶）；
（6）《台湾海峡两岸间水路运输许可证》和《台湾海峡两岸间船舶营运证》；
（7）安全监督管理所需要的其他证书。
对未经许可擅自从事两岸间航运业务的船舶，海事管理机构不得为其办理进出港手续，并通报交通主管部门。
第十四条 直航船舶进出港申请、许可和查验使用专用单证格式和专用印章。
第十五条 直航船舶进出中国大陆港口可申请引航。但有下列情形时，应申请引航：
（一）直航船舶的船长首次到港；
（二）按内河航行规定需要引航的船舶；
（三）因安全原因海事管理机构认为需要引航的船舶。
第十六条 直航船舶在港内进行安全作业、危险货物和防污染作业应遵守港口有关安全和防污染管理规定，并办理相关手续。
第十七条 直航船舶在航行途中，因遇险、发生故障、船员或旅客患急病、避风等特殊情况，需临时进港的或者需要进入非直航港口临时停泊的，应事先向海事管理机构报告，经批准后方可进入。
第四章 监督检查
第十八条 海事管理机构应对直航船舶依法实施监督检查，直航船舶应主动接受、配合海事管理机构的监督检查。
